<div dir="ltr">Hello<br><br>Here is an update on a problem I had a while back.<br><br>After putting
the problem on the back burner for quite a while I revisited it this
week.  I fiddled about for a while and I found that
building HDF5 (1.6.7) from source eliminated the error.  Oddly enough, I encountered this error on two very different machines.<br>
<br>Cheers,  <br clear="all">:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-<br>Justin Parsons<br><a href="http://jussn.beevomit.org/" target="_blank">http://jussn.beevomit.org</a><br>:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-:-<br>
<br><br><div class="gmail_quote">On Tue, Aug 19, 2008 at 4:37 PM, Paul M. Rich <span dir="ltr"><<a href="mailto:richp@flash.uchicago.edu">richp@flash.uchicago.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
Justin,<br>
<br>
I've seen things like this happen like this before and these look like<br>
they are from libpthread.  Effectively it is a dependency of a<br>
dependency.  Are you linking statically or dynamically in your<br>
Makefile.h?  You can try manually including that library in your<br>
Makefile.h to ensure that these symbols are defined.<br>
<br>
Does that help?<br>
<br>
Paul Rich<br>
--------------------------------<br>
<a href="mailto:richp@flash.uchicago.edu">richp@flash.uchicago.edu</a><br>
ASC Flash Center<br>
University of Chicago<br>
<div><div></div><div class="Wj3C7c"><br>
<br>
Parsons, Justin T wrote:<br>
> Greetings!<br>
><br>
> I'm in the process of testing my FLASH install and familiarizing myself with the code.  I've been trying to compile the Sedov problem but keep running in to this error:<br>
><br>
> --ERROR--<br>
> /home/jussn/mpich2-install/lib/libmpich.a(simple_pmi.o): In function `PMI_Init':<br>
> simple_pmi.c:(.text+0x1fcd): warning: Using 'gethostbyname' in statically linked applicatio<br>
> ns requires at runtime the shared libraries from the glibc version used for linking<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_misc.o): In function `__aio_e<br>
> nqueue_request':<br>
> (.text+0x1c3): undefined reference to `pthread_getschedparam'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_misc.o): In function `__aio_e<br>
> nqueue_request':<br>
> (.text+0x2dd): undefined reference to `pthread_cond_signal'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_misc.o): In function `__aio_e<br>
> nqueue_request':<br>
> (.text+0x3f7): undefined reference to `pthread_attr_init'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_misc.o): In function `__aio_e<br>
> nqueue_request':<br>
> (.text+0x407): undefined reference to `pthread_attr_setdetachstate'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_misc.o): In function `__aio_e<br>
> nqueue_request':<br>
> (.text+0x41c): undefined reference to `pthread_attr_setstacksize'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_misc.o): In function `__aio_e<br>
> nqueue_request':<br>
> (.text+0x489): undefined reference to `pthread_attr_destroy'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_misc.o): In function `handle_<br>
> fildes_io':<br>
> (.text+0x676): undefined reference to `pthread_getschedparam'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_misc.o): In function `handle_<br>
> fildes_io':<br>
> (.text+0x6bd): undefined reference to `pthread_setschedparam'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_misc.o): In function `handle_<br>
> fildes_io':<br>
> (.text+0x790): undefined reference to `pthread_cond_signal'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_misc.o): In function `handle_<br>
> fildes_io':<br>
> (.text+0x9d1): undefined reference to `pthread_attr_init'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_misc.o): In function `handle_<br>
> fildes_io':<br>
> (.text+0x9e1): undefined reference to `pthread_attr_setdetachstate'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_misc.o): In function `handle_<br>
> fildes_io':<br>
> (.text+0xa7c): undefined reference to `pthread_cond_timedwait'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_notify.o): In function `__aio<br>
> _notify_only':<br>
> (.text+0xa9): undefined reference to `pthread_attr_init'<br>
> /usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.3/../../../../lib/librt.a(aio_notify.o): In function `__aio<br>
> _notify_only':<br>
> (.text+0xb9): undefined reference to `pthread_attr_setdetachstate'<br>
> collect2: ld returned 1 exit status<br>
> make: *** [flash3] Error 1<br>
> --ERROR--<br>
><br>
> I'm not quite sure where to go from here.  Makefile.h in my "object" dir has the correct paths and, I believe, I've installed all necessary libraries and deps.  Any tips?<br>
><br>
> System is Ubuntu 8.04 with AMD 32bit.<br>
><br>
><br>
> Cheers<br>
> Justin Parsons<br>
> <a href="http://jussn.beevomit.org" target="_blank">http://jussn.beevomit.org</a><br>
><br>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>