Thank you thank you thank you<div>It workssss. Yahooooooooooooooooooooo</div><div><br></div><div>Thanks a lot</div><div><br></div><div>Huong</div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Fri, May 7, 2010 at 4:22 PM, Chris Daley <span dir="ltr"><<a href="mailto:cdaley@flash.uchicago.edu">cdaley@flash.uchicago.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">Hi Huong,<br>
<br>
This is a bug in Paramesh that we recently fixed in trunk.  There are<br>
some MPI calls that have overlapping send and receive buffers.  The<br>
overlap is detected in mpich2 versions >= 1.2.1.  I've attached the<br>
patch we used in trunk.<br>
<br>
Go to the top level FLASH directory and do:<br>
patch -p0 < fix_mpi_calls.diff<br>
<br>
Recompile your application and the assert should disappear.<br><font color="#888888">
<br>
Chris</font><div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
<br>
John ZuHone wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Huong,<br>
<br>
You'll probably need to tell us how much memory is available on your machine as well.<br>
<br>
John Z<br>
<br>
On May 7, 2010, at 4:32 PM, huong luu wrote:<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Hi,<br>
I am trying to run FLASH3. In my system, I have installed HDF1.6 serial. I use the gfortran makefile and I believe that I have all the the parameters in the Makefile correctly (I also attached the Makefile here. Can you have a quick look at it?). I successfully created flash3 executable file.<br>

<br>
However, when I run it, I have this error:<br>
<br>
[luu1@cn77 object]$ ./flash3<br>
 RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "iProcs"...<br>
 RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "jProcs"...<br>
 RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "kProcs"...<br>
 RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "order"...<br>
 RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "slopeLimiter"...<br>
 RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "LimitedSlopeBeta"...<br>
 RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "charLimiting"...<br>
 RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "RiemannSolver"...<br>
 RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "shockInstabilityFix"...<br>
 RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "shockDetect"...<br>
 MaterialProperties initialized<br>
 Cosmology initialized<br>
 Source terms initialized<br>
  iteration, no. not moved =            0           0<br>
 refined: total leaf blocks =            1<br>
 refined: total blocks =            1<br>
*Assertion failed in file ../../../../../src/mpich2-1.2.1/src/mpi/coll/helper_fns.c at line 337: 0*<br>
*memcpy argument memory ranges overlap, dst_=0x18e80880 src_=0x18e80880 len_=96*<br>
*<br>
*<br>
*internal ABORT - process 0*<br>
<br>
Have you ever encounter this error and do you have any idea how to fix it?<br>
<br>
Thanks a lot in advance,<br>
Huong<br>
<Makefile.h.gfortran><br>
</blockquote>
<br>
</blockquote>
<br>
</div></div></blockquote></div><br></div>