<br>Hi,<div><br></div><div>Thank you for your quick response. I am sorry for the lack of information I provided. I was confused then. Please find my answers below</div><div><br></div><div class="gmail_quote">On Fri, May 7, 2010 at 3:37 PM, John ZuHone <span dir="ltr"><<a href="mailto:jzuhone@cfa.harvard.edu">jzuhone@cfa.harvard.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div style="word-wrap:break-word">Huong,<div><br></div><div>We will need to know a lot more about what you are trying to do before we can discern what your problem is. </div>
<div><br></div><div>Probably the best thing for you to do is to tell us the following:</div><div><br></div><div>What problem are you trying to run?</div></div></blockquote><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div style="word-wrap:break-word"><div><br></div><div>What units are you compiling in? (They are in the setup_units file)</div><div><br></div><div>What setup call did you use? (This is in the setup_call file)</div><div><br>
</div><div>What parameter file are you using (flash.par)? This seems especially relevant given all of the unknown parameters you have.</div><div><br></div><div>All of those files should be within the object directory.</div>
</div></blockquote><div> </div><div><br></div><div><div>I was trying to run Sedov example. So basically this is all that I have done</div><div><br></div><div>Edit Makefile.h.gfortran </div><div>./setup Sedov -makefile=gfortran -auto</div>
<div>cd object</div><div>gmake</div><div><br></div><div>And after that I copied the flash.par from source/Simulation/SimulationMain/Sedov/flash.par (I guess it would be the same as the generated one though). I didn't change anything else except for the Makefile.h.gfortran in sites dir.</div>
<div><br></div><div>and then I run it as ./flash3 and got the errors.</div><div><br></div><div>The system I am running on have 2 quad-core CPUs and 16GB RAM and I am the only user on that. So I get quite large amount of memory.</div>
<div><br></div><div>Does this helps anything for finding the problem?</div><div><br></div><div>Thanks in advance and regards,</div><div>Huong</div></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">
<div style="word-wrap:break-word"><div><br></div><div>Best,</div><div><br></div><div>John Z</div><div><br><div><div><div></div><div class="h5"><div>On May 7, 2010, at 4:32 PM, huong luu wrote:</div><br></div></div><blockquote type="cite">
<div><div></div><div class="h5"><span style="font-family:arial, sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse">Hi,<div>I am trying to run FLASH3. In my system, I have installed HDF1.6 serial. I use the gfortran makefile and I believe that I have all the the parameters in the Makefile correctly (I also attached the Makefile here. Can you have a quick look at it?). I successfully created flash3 executable file.</div>

<div><br></div><div>However, when I run it, I have this error:</div><div><br></div><div><div>[luu1@cn77 object]$ ./flash3</div><div> RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "iProcs"...</div><div> RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "jProcs"...</div>

<div> RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "kProcs"...</div><div> RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "order"...</div><div> RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "slopeLimiter"...</div>

<div> RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "LimitedSlopeBeta"...</div><div> RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "charLimiting"...</div><div> RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "RiemannSolver"...</div>

<div> RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "shockInstabilityFix"...</div><div> RuntimeParameters_read:  ignoring unknown parameter "shockDetect"...</div><div> MaterialProperties initialized</div>

<div> Cosmology initialized</div><div> Source terms initialized</div><div>  iteration, no. not moved =            0           0</div><div> refined: total leaf blocks =            1</div><div> refined: total blocks =            1</div>

<div><b>Assertion failed in file ../../../../../src/mpich2-1.2.1/src/mpi/coll/helper_fns.c at line 337: 0</b></div><div><b>memcpy argument memory ranges overlap, dst_=0x18e80880 src_=0x18e80880 len_=96</b></div><div><b><br>

</b></div><div><b>internal ABORT - process 0</b></div></div><div><br></div><div>Have you ever encounter this error and do you have any idea how to fix it?</div><div><br></div><div>Thanks a lot in advance,</div><div>Huong</div>

</span>
</div></div><span><Makefile.h.gfortran></span></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div><br>