Kunal,<br><br>The following message in your log file is the key :<br><span style="font-family: arial,sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse;"><span style="border-collapse: separate; font-family: 'Times New Roman'; font-size: medium;"><pre>
<span style="font-family: arial,sans-serif; white-space: normal; border-collapse: collapse; font-size: 13px;">WARNING : Adaptive Grid did not find any variable to refine<br><br>Since there is no refinement, the number of blocks stays at 1, and so the second processor has no blocks. Make sure that you have the following lines in your flash.par :<br>
<br>refine_var_1 = "dens"<br>refine_var_2 = "pres"<br><br>Anshu<br></span></pre></span></span><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Jun 3, 2010 at 3:58 PM, kunal rao <span dir="ltr"><<a href="mailto:kunalgrao@gmail.com">kunalgrao@gmail.com</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;"><span style="font-family: arial,sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse;">Hi,<div>
<br></div><div>I am running FLASH 3.2 on my laptop on a virtual machine running Ubuntu 9.10. I have configured the code using:</div>

<div>$./setup Sedov -auto -makefile=gfortran</div><div><br></div><div>I am able to run the executable for a single process using $./flash3 . But when I try to run it on 2 processes using</div><div><br></div><div>$mpirun -np 2 ./flash3</div>


<div><br></div><div>I get the following error:</div>
<div><br></div><div><span style="font-family: arial,sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse;">Driver_abortC called<br>Error: negative return from memspace H5Screate_simple<br>Calling MPI_Abort for immediate shutdown<br>



HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 library version: 1.6.10 thread 0.  Back trace follows.<br>  #000: H5S.c line 1595 in H5Screate_simple(): zero sized dimension for non-unlimited dimension<br>    major(01): Function arguments<br>



    minor(05): Bad value</span></div><div><br></div><div>This problem was addressed in one of the previous archived emails. The response to that by Chris was that:</div><div><br></div><div>-------------------------------------------------</div>



<div><span style="border-collapse: separate; font-family: 'Times New Roman'; font-size: medium;"><pre>I think this is happening because there are zero blocks on at least
one processor. You can check whether this is the case by looking in
the flash log file from your run. Look for the last
amr_refine_derefine message of the form:

[GRID amr_refine_derefine] min blks 17 max blks 18 tot blks 69

I expect there is a min blks 0 in your message. A temporary
workaround is to run your application on fewer processors.</pre><pre>-------------------------</pre><pre>I checked in my sedov.log file and it is 0. This is what i see in the sedov.log file:</pre><pre>----------------------------</pre>


<pre><span style="font-family: arial,sans-serif; white-space: normal; border-collapse: collapse; font-size: 13px;">WARNING : Adaptive Grid did not find any variable to refine<br> [ 06-03-2010  11:55:51.588 ] [GRID amr_refine_derefine]: initiating refinement<br>


 [GRID amr_refine_derefine] min blks 0    max blks 1    tot blks 1<br> [GRID amr_refine_derefine] min leaf blks 0    max leaf blks 1    tot leaf blks 1<br> [ 06-03-2010  11:55:51.616 ] [GRID amr_refine_derefine]: refinement complete<br>


 [ 06-03-2010  11:55:51.743 ] [GRID gr_expandDomain]: iteration=1, create level=2</span></pre><pre><span style="font-family: arial,sans-serif; white-space: normal; border-collapse: collapse; font-size: 13px;">-----------------------------------------------------------</span></pre>


<pre><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse: collapse; white-space: normal;"><font size="3"><span style="font-size: 13px;">The temporary workaround was to use fewer processes. But I am not able to run on even 2 processes. </span></font></span></font></pre>


<pre><font face="arial, sans-serif"><span style="border-collapse: collapse; white-space: normal;"><font size="3"><span style="font-size: 13px;">Can you please tell me if there is a solution for this.</span></font></span></font></pre>


</span></div><div><span style="font-family: arial,sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse;">Thanks & Regards,</span></div>
<div><span style="font-family: arial,sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse;">Kunal</span></div></span>
</blockquote></div><br>