<div dir="ltr">Hello,<div style>   I've used Sean's Makefile, and have compiled without issue, but now I seem to be getting an error similar to Suoqing.</div><div style><br></div><div style>I loaded both modules (hdf5, mvapich2) before compile time and submission, yet after initializing the first block, I get an AllGather error:</div>
<div style><br></div><div style><div>[cli_0]: aborting job:</div><div>Fatal error in PMPI_Allgather:</div><div>Invalid buffer pointer, error stack:</div><div>PMPI_Allgather(975): MPI_Allgather(sbuf=0xd665eb0, scount=24, MPI_INTEGER, rbuf=0xd665eb0, rcount=24, MPI_INTEGER, MPI_COMM_WORLD) failed</div>
<div>PMPI_Allgather(950): Buffers must not be aliased</div><div><br></div><div><br></div><div style>Has anyone dealt with this before?</div><div style><br></div><div style>Thanks,</div><div style>  -Mark</div><div style><br>
</div></div></div><div class="gmail_extra"><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 28, 2013 at 10:42 AM, Suoqing Ji <span dir="ltr"><<a href="mailto:Suoqing.Ji@asu.edu" target="_blank">Suoqing.Ji@asu.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Hi Sean,<br>
<br>
It runs perfect -- Thanks a lot!<br>
<br>
To Matt: I'm just distracted by the code and mistyped your family name… Sorry… = =<br>
<br>
Best wishes,<br>
Suoqing<br>
<div><div class="h5"><br>
On Mar 28, 2013, at 1:32 PM, Sean Lynch wrote:<br>
<br>
> Suoqing,<br>
><br>
> I run jobs on stampede with Flash4. My makefile is attached.<br>
><br>
> I simply load mvapich2 and hdf5.<br>
><br>
> module load mvapich2<br>
> module load hdf5<br>
><br>
> This currently loads mvapich2/1.9a2 and hdf5/1.8.9<br>
><br>
> The makefile takes care of the rest. I do use -DH5_USE_16_API in the<br>
> makefile and also set the correct directories that correspond the<br>
> modules. Note that you can use 'module show <modulename>' to list all<br>
> the environment variables and paths that are setup when including a module.<br>
><br>
> -Sean<br>
><br>
> On 03/28/2013 01:07 PM, Suoqing Ji wrote:<br>
>> Hi,<br>
>><br>
>> I'm currently trying to setup FLASH on <a href="http://stampede.tacc.utexas.edu" target="_blank">stampede.tacc.utexas.edu</a><br>
>> <<a href="http://stampede.tacc.utexas.edu" target="_blank">http://stampede.tacc.utexas.edu</a>>, but encountered some errors.<br>
>><br>
>> Is there anyone who has setup FLASH on stampede, and may I request the<br>
>> configuration info as well as Makefile.h? It would be better if it's<br>
>> FLASH4, and other versions are also valuable for reference.<br>
>><br>
>> Thanks!<br>
>><br>
>> Best wishes,<br>
>> Suoqing<br>
</div></div>> <Makefile.h><br>
<br>
</blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Mark Richardson, <br><a href="mailto:Mark.L.Richardson@asu.edu" target="_blank">Mark.L.Richardson@asu.edu</a><div>Ph.D. Candidate: Astrophysics<br>ISTB4 623<br>
School of Earth and Space Exploration<br>Arizona State University<br>480 318-4449<br><a href="http://www.public.asu.edu/~mlricha4" target="_blank">www.public.asu.edu/~mlricha4</a><br></div>
</div>