<div dir="ltr"><div><div>I have forgotten to mention  that I am using FLASH4.0.1<br><br></div>Thanks,<br></div>Reem<br><div><div><br><div><div><div class="gmail_extra"><div class="gmail_quote"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">

Message: 1<br>
Date: Tue, 20 Aug 2013 16:29:08 +0100<br>
From: Reem Alraddadi <<a href="mailto:raba500@york.ac.uk">raba500@york.ac.uk</a>><br>
Subject: [FLASH-USERS] Timing problem in LaserSlab example<br>
To: <a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu">flash-users@flash.uchicago.edu</a><br>
Message-ID:<br>
        <CANKsntF54R6Yc6DEhLAB_H4TahadE=<a href="mailto:1cG9T_LiPNJY-uE2HgJw@mail.gmail.com">1cG9T_LiPNJY-uE2HgJw@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"<br>
<br>
Hi Klaus,<br>
<br>
<br>
When I increased the number of process to 32 and decreased nend to 3000, it<br>
works without any problem and the run successfully completed, reaching to<br>
109ps. However, when I only changed Cu temperature from 25 eV to 50 eV, the<br>
problem occurs again. Any ideas?<br>
<br>
Thanks,<br>
Reem<br>
<br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> Message: 2<br>
> Date: Fri, 16 Aug 2013 15:47:51 -0500 (CDT)<br>
> From: Klaus Weide <<a href="mailto:klaus@flash.uchicago.edu">klaus@flash.uchicago.edu</a>><br>
> Subject: Re: [FLASH-USERS] Timing problem in LaserSlab example<br>
> To: Reem Alraddadi <<a href="mailto:raba500@york.ac.uk">raba500@york.ac.uk</a>><br>
> Cc: <a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu">flash-users@flash.uchicago.edu</a><br>
> Message-ID: <<a href="mailto:Pine.LNX.4.64.1308161521420.24703@flash.uchicago.edu">Pine.LNX.4.64.1308161521420.24703@flash.uchicago.edu</a>><br>
> Content-Type: TEXT/PLAIN; charset=US-ASCII<br>
><br>
> On Fri, 16 Aug 2013, Reem Alraddadi wrote:<br>
><br>
> > Hi all,<br>
> ><br>
> > I am running a Modified LaserSlab example for three materials with the<br>
> > following setup line:<br>
> ><br>
> > Slab3 -2d +pm4dev -nxb=16 -nyb=16 +mtmmmt +mgd species=cham,targ,foil<br>
> > mgd_meshgroups=6 -parfile=example.par +3t -maxblocks=1000<br>
> ><br>
> > the run goes OK at the first time with lrefine_max=6 but when I goes<br>
> > with lrefine_max=9<br>
> > I got the following warning message :<br>
> ><br>
> > Warning: The initial timestep is too large.<br>
> ><br>
> > initial timestep = 1.000000000000000E-014<br>
> ><br>
> > CFL timestep = 5.139420973957487E-014<br>
> ><br>
> > Resetting dtinit to TIMESTEP_SLOW_START_FACTOR*dtcfl.<br>
><br>
> [...]<br>
><br>
> > So I reduced the initial time step and made dtinit=dtmin=0.1e-14  and I<br>
> > increased nend to 8000 as I am really interested in time when it reaches<br>
> to<br>
> > 50ps until 200ps. However, by doing that , the warning message does not<br>
> > exist any more but ...<br>
><br>
> Reem,<br>
><br>
> You did not necessarily have to modify dtinit, since (as the Warning<br>
> message tries to say) the initial dt was reset to 0.5139420973957487e-14<br>
> automatically. (I believe TIMESTEP_SLOW_START_FACTOR is hardwired to 0.1.)<br>
> It is good that you decreased dtmin. It may also be good that you<br>
> decreased dtinit to below that automatic value.<br>
><br>
> However, those things are probably unrelated to the ultimate failure of<br>
> your runs.<br>
><br>
> >   I found the run didn't complete and just reach when<br>
> > t=5e-11 and n step was only 1809 . Also, I found an output file regard to<br>
> > Hypre library which I didn't understand what does mean. I have attached<br>
> > with this e-mail my flash.par file, out.log, lasslab.log and the output<br>
> > messages regard to Hpyre file. I need my run reach to time from 50ps<br>
> until<br>
> > 200 ps. Could you help me with this, please?<br>
><br>
> It seems you got to ~ 53 ps. Then the run(s) failed.<br>
><br>
> You did not provide the contents of the err.err file, even though<br>
> your output.log says (twice):<br>
><br>
>    PS:<br>
><br>
>    Read file <err.err> for stderr output of this job.<br>
><br>
> Maybe there are some messages in that file explaining while the run(s)<br>
> failed.<br>
><br>
> You may have exceeded the allowed CPU time in your batch system, or may<br>
> have run out of memory, or some similar reason.<br>
><br>
> > PS:  the flash,par is as same as example.par. Also,I wonder if the<br>
> problem<br>
> > because I run the same problem twice. I found that by mistake I run the<br>
> > same file twice. Is this the reason that the run didn't complete ?<br>
><br>
> I don't know. But it seems you had two instances of the same simulation<br>
> running in the same directory, overwriting each other's output files<br>
> and both writing interspersed lines to the log file. It is unnecessarily<br>
> difficult to analyze from this output what has actually happened.<br>
><br>
> I would suggest you<br>
>  * restart, making sure this time that only one instance of the code is<br>
>    running.<br>
>  * You may restart from a checkpoint instead of starting from step 1,<br>
>    to save time (you seem to have dumped checkpoints frequently).<br>
>  * If the run fails again, make sure you look at all available output<br>
>    including any err.err file.<br>
><br>
> > and what<br>
> > does hypre message mean?<br>
><br>
> Apparently the run (or at least one of them? - it is unclear whether<br>
> the hypre stack traces were generated by one or by both runs) died while<br>
> at least some processors where in a hypre function.  It is unclear<br>
> to me whether those processors actually caused signals that resulted in<br>
> aborting the runs.<br>
><br>
> Btw. it isn't clear what version of FLASH you were using. I hope you are<br>
> using 4.0.1, because it includes a hypre-related fix to 4.0.<br>
><br>
> Klaus<br>
><br>
><br>
> ------------------------------<br>
><br>
> _______________________________________________<br>
> flash-users mailing list<br>
> <a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu">flash-users@flash.uchicago.edu</a><br>
> <a href="http://flash.uchicago.edu/mailman/listinfo/flash-users" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/mailman/listinfo/flash-users</a><br>
><br>
><br>
> End of flash-users Digest, Vol 70, Issue 8<br>
> ******************************************<br>
><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20130820/27b05cec/attachment.html" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20130820/27b05cec/attachment.html</a><br>

-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: err.err<br>
Type: application/octet-stream<br>
Size: 963 bytes<br>
Desc: not available<br>
Url : <a href="http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20130820/27b05cec/attachment.obj" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20130820/27b05cec/attachment.obj</a><br>

-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: flash4.80s-26439,cn398.scarf.rl.ac.uk.btr<br>
Type: application/octet-stream<br>
Size: 897 bytes<br>
Desc: not available<br>
Url : <a href="http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20130820/27b05cec/attachment-0001.obj" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20130820/27b05cec/attachment-0001.obj</a><br>

-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: flash.par<br>
Type: application/octet-stream<br>
Size: 5827 bytes<br>
Desc: not available<br>
Url : <a href="http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20130820/27b05cec/attachment-0002.obj" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20130820/27b05cec/attachment-0002.obj</a><br>

-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: lasslab.log<br>
Type: application/octet-stream<br>
Size: 194628 bytes<br>
Desc: not available<br>
Url : <a href="http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20130820/27b05cec/attachment-0003.obj" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20130820/27b05cec/attachment-0003.obj</a><br>

-------------- next part --------------<br>
A non-text attachment was scrubbed...<br>
Name: out.log<br>
Type: application/octet-stream<br>
Size: 123740 bytes<br>
Desc: not available<br>
Url : <a href="http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20130820/27b05cec/attachment-0004.obj" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20130820/27b05cec/attachment-0004.obj</a><br>

<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
flash-users mailing list<br>
<a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu">flash-users@flash.uchicago.edu</a><br>
<a href="http://flash.uchicago.edu/mailman/listinfo/flash-users" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/mailman/listinfo/flash-users</a><br>
<br>
<br>
End of flash-users Digest, Vol 70, Issue 9<br>
******************************************<br>
</blockquote></div><br></div></div></div></div></div></div>