<div dir="ltr"><div class="gmail_extra"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">​Hi Roman,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">
I checked and the links were wrong as you surmised.  I think what happened was that I ran "flmake setup" before creating the simulations sub-directory.  I started over in a new project directory and now the links seem correct.</div>
<div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">It would not be hard to check for the existence of a simulations subdirectory for the case that one runs "flmake​ setup" and either issue a warning or exit -- or even create the directory.  That would be a useful modification of the script.</div>
<div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Regards,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">
Jon</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Jun 17, 2014 at 1:00 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:flash-users-request@flash.uchicago.edu" target="_blank">flash-users-request@flash.uchicago.edu</a>></span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div id=":27t" class="a3s" style="overflow:hidden">From: Roman Yurchak <<a href="mailto:roman.yurchak@crans.org">roman.yurchak@crans.org</a>><br>
To: "Slavin, Jonathan" <<a href="mailto:jslavin@cfa.harvard.edu">jslavin@cfa.harvard.edu</a>><br>Cc: flash-users <<a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu">flash-users@flash.uchicago.edu</a>><br>
Date: Tue, 17 Jun 2014 18:31:56 +0200<br>Subject: Re: [FLASH-USERS] flmake not picking up files in proj/simulations<br>Hi Jon,<br>
<br>
I'll reply for Anthony. After you do the flmake setup, for instance<br>
the proj/setup/Simulation_init.F90 should be a symbolic link to<br>
proj/simulations/Sedov/<u></u>Simulation_init.F90 . Any changes you make there then will be<br>
included when you recompile the flash4 binary.<br>
<br>
In your case however it looks like the "flmake setup" did not recognize that there were a local simulation directory.<br>
When  you do the setup it outputs a list of paths that should contain  simulations/Sedov<br>
and not include Simulation/SimulationMain/<u></u>Sedov.<br>
You did the flmake setup Sedov from inside of the proj directory right? That should work.<br>
Otherwise you can try renaming your local Sedov directory to say Sedov2 and do a<br>
  flmake setup Sedov2  etc..<br>
in order to be sure.<br>
<br>
Best,<br>
-- <br>
Roman</div></blockquote></div><br><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">________________________________________________________<br>Jonathan D. Slavin                 Harvard-Smithsonian CfA<br><a href="mailto:jslavin@cfa.harvard.edu" target="_blank">jslavin@cfa.harvard.edu</a>       60 Garden Street, MS 83<br>
phone: (617) 496-7981       Cambridge, MA 02138-1516<br>fax: (617) 496-7577            USA<br>________________________________________________________<br><br></div>
</div></div>