Hello Jonathan, <div><br></div><div>Truthfully, I don't recall what setup does exactly. I believe that it just makes symlinks and that you should be fine. However, you can always test this.  Make a commit right before you run setup. Rerun setup, see what it does, and if you need to checkout the most recent version.</div>
<div><br></div><div>$ git commit -am "..."</div><div>$ flmake setup</div><div>$ git status</div><div>$ git checkout -- .</div><div><br></div><div>Be Well</div><div>Anthony<br><br>On Wednesday, June 25, 2014, Slavin, Jonathan <<a href="mailto:jslavin@cfa.harvard.edu">jslavin@cfa.harvard.edu</a>> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Hi Roman and Anthony,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">
<br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">
I had another question on flmake.  I've been running some supernova remnant calculations and wanted to add the Sutherland & Dopita cooling from the supplemental units.  I created a source directory under my project directory and copied the source tree that includes the S&D routines mirroring the directory structure under source under the original code directory.  Now to get that code to be picked up during the build, do I need to run setup again (i.e. flmake setup...)? I'm not clear on what setup does, so I'm concerned about it overwriting things.  Could you give me a short explanation about what it does?</div>

<div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Thanks,</div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">

Jon</div><div><br></div>-- <br><div dir="ltr">________________________________________________________<br>Jonathan D. Slavin                 Harvard-Smithsonian CfA<br><a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','jslavin@cfa.harvard.edu');" target="_blank">jslavin@cfa.harvard.edu</a>       60 Garden Street, MS 83<br>

phone: (617) 496-7981       Cambridge, MA 02138-1516<br>fax: (617) 496-7577            USA<br>________________________________________________________<br><br></div>
</div>
</blockquote></div><br><br>-- <br><font face="'times new roman', serif"><span style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">Anthony Scopatz</span><br style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">Post-doctoral Scholar<br></span></font><div><font face="'times new roman', serif"><span style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">The FLASH Center for Computational Science</span><br style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">Dept. of Astronomy and Astrophysics</span><br style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">The University of Chicago</span></font></div>
<div><font face="'times new roman', serif">cell: (512) U2-PU239<br style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">office: (</span>773) 834-2705<br style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">
<span style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)">fax:(</span>773) 834-3230<br style="color:rgb(34,34,34);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)"><a href="http://flash.uchicago.edu/" style="color:rgb(17,85,204);font-size:13px;background-color:rgb(255,255,255)" target="_blank">http://flash.uchicago.edu</a></font></div>
<br>