<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style type="text/css" style="display:none"><!--P{margin-top:0;margin-bottom:0;} .ms-cui-menu {background-color:#ffffff;border:1px rgb(166, 166, 166) solid;font-family:'Segoe UI','Segoe WP','Segoe UI WPC',Tahoma,Arial,sans-serif;font-size:10pt;color:rgb(51, 51, 51);} .ms-cui-menusection-title {display:none;} .ms-cui-ctl {vertical-align:text-top;text-decoration:none;color:rgb(51, 51, 51);} .ms-cui-ctl-on {background-color:rgb(214, 223, 236);opacity: 0.8;} .ms-cui-img-cont-float {display:inline-block;margin-top:2px} .ms-cui-smenu-inner {padding-top:0px;} .ms-owa-paste-option-icon {margin: 0px 6px 0px 6px;vertical-align:middle!important;padding-bottom: 2px;display:inline-block;} .ms-rtePasteFlyout-option:hover {background-color:rgb(214, 223, 236) !important;opacity:1 !important;} .ms-rtePasteFlyout-option {padding:8px 4px 8px 4px;outline:none;} .ms-cui-menusection {float:left; width:85px;height:24px;overflow:hidden}.wf {speak:none; font-weight:normal; font-variant:normal; text-transform:none; -webkit-font-smoothing:antialiased; vertical-align:middle; display:inline-block;}.wf-family-owa {font-family:'o365Icons'}@font-face {  font-family:'o365IconsIE8';  src:url('https://r4.res.outlook.com/owa/prem/16.0.326.8/resources/styles/office365icons.ie8.eot?#iefix') format('embedded-opentype'),         url('https://r4.res.outlook.com/owa/prem/16.0.326.8/resources/styles/office365icons.ie8.woff') format('woff'),         url('https://r4.res.outlook.com/owa/prem/16.0.326.8/resources/styles/office365icons.ie8.ttf') format('truetype');  font-weight:normal;  font-style:normal;}@font-face {  font-family:'o365IconsMouse';  src:url('https://r4.res.outlook.com/owa/prem/16.0.326.8/resources/styles/office365icons.mouse.eot?#iefix') format('embedded-opentype'),         url('https://r4.res.outlook.com/owa/prem/16.0.326.8/resources/styles/office365icons.mouse.woff') format('woff'),         url('https://r4.res.outlook.com/owa/prem/16.0.326.8/resources/styles/office365icons.mouse.ttf') format('truetype');  font-weight:normal;  font-style:normal;}.wf-family-owa {font-family:'o365IconsMouse'}.ie8 .wf-family-owa {font-family:'o365IconsIE8'}.ie8 .wf-owa-play-large:before {content:'\e254';}.notIE8 .wf-owa-play-large:before {content:'\e054';}.ie8 .wf-owa-play-large {color:#FFFFFF/*$WFWhiteColor*/;}.notIE8 .wf-owa-play-large {border-color:#FFFFFF/*$WFWhiteColor*/; width:1.4em; height:1.4em; border-width:.1em; border-style:solid; border-radius:.8em; text-align:center; box-sizing:border-box; -moz-box-sizing:border-box; padding:0.1em; color:#FFFFFF/*$WFWhiteColor*/;}.ie8 .wf-size-play-large {width:40px; height:40px; font-size:30px}.notIE8 .wf-size-play-large {width:40px; height:40px; font-size:30px}.notIE8 .wf-owa-triangle-down-small:before {content:'\e052';}.ie8 .wf-owa-triangle-down-small:before { content:'\e052';}.ie8 .wf-owa-triangle-down-small {color:#666666/*$WFGreyColor*/;}.wf-size-x20 {font-size: 20px!important;}--></style>
</head>
<body dir="ltr" style="font-size:12pt;color:#000000;background-color:#FFFFFF;font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;">
<p>Hello All,</p>
<p><br>
</p>
<p>In case you chose to try yt, the following could help:</p>
<p><br>
</p>
<p><span style="color: rgb(0, 111, 201);">from yt.mods import *</span></p>
<p><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
</p>
<p><span style="color: rgb(0, 111, 201);"># Checkpoint file or plotfile location:</span></p>
<p><span style="color: rgb(0, 111, 201);">CkptFile_location = '/location/to/your/checkpoint/file/checkpoint_hdf5_plt_cnt_0000 '</span></p>
<p><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
</p>
<p><span style="color: rgb(0, 111, 201);">#Variable to plot:</span></p>
<p><span style="color: rgb(0, 111, 201);">var='dens'</span><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
</p>
<p><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
</p>
<p><span style="color: rgb(0, 111, 201);">apf = load(CkptFile_location)</span></p>
<p><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">sl=SlicePlot(apf, 'phi',var)</span><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">sl.set_window_size(14)</span><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
</p>
<p><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
</p>
<p><span style="color: rgb(0, 111, 201);"># sl.set_center((0.0,19.0)) # 19.0 is my Xmax/2.0
</span><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">#sl.zoom(2.0) # This will hep zoom-IN;  change the 2.0 to anything you like</span><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
<span style="color: rgb(0, 111, 201);"></span><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">sl.set_cmap(field="dens", cmap='jet')</span>
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">#Pcolor style</span><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">sl.set_buff_size(2000)</span> <span style="color: rgb(0, 111, 201);">
# Image quality</span><br style="color: rgb(0, 111, 201);">
<span style="color: rgb(0, 111, 201);">sl.save() # or sl.show() if your on a ipython notebook<br>
</span></p>
<p><br>
</p>
<p>Best</p>
<p><br>
</p>
<p>Ismael<br>
</p>
<div style="word-wrap:break-word">
<hr tabindex="-1" style="display:inline-block; width:98%">
<div id="divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font style="font-size:11pt" color="#000000" face="Calibri, sans-serif"><b>From:</b> flash-users-bounces@flash.uchicago.edu <flash-users-bounces@flash.uchicago.edu> on behalf of Sean Couch <smc@flash.uchicago.edu><br>
<b>Sent:</b> Wednesday, July 30, 2014 9:02 PM<br>
<b>To:</b> Kevin Olson<br>
<b>Cc:</b> flash<br>
<b>Subject:</b> Re: [FLASH-USERS] visualizing polar coordinates</font>
<div> </div>
</div>
<div>I highly recommend yt, but you can do this in VisIt by adding a "Transform" operator to your plot then setting the options for the operator to do a "Coordinate" transform.  I think you want to go from "polar" to "Cartesian" coordinates in the Transform.
<div><br>
</div>
<div>Sean</div>
<div><br>
<div>
<div style="color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px; word-wrap:break-word">
<span class="Apple-style-span" style="color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px; border-collapse:separate; border-spacing:0px"><span class="Apple-style-span" style="border-collapse:separate; color:rgb(0,0,0); font-family:Helvetica; font-style:normal; font-variant:normal; font-weight:normal; letter-spacing:normal; line-height:normal; orphans:2; text-indent:0px; text-transform:none; white-space:normal; widows:2; word-spacing:0px; border-spacing:0px">
<div style="word-wrap:break-word">
<div><br class="Apple-interchange-newline">
--------------------------------------------------------</div>
<div>Sean M. Couch</div>
<div>Hubble Fellow</div>
<div>Flash Center for Computational Science</div>
<div>Department of Astronomy & Astrophysics</div>
<div>The University of Chicago</div>
<div>5747 S Ellis Ave, Jo 315</div>
<div>Chicago, IL  60637</div>
<div>(773) 702-3899</div>
<div><a href="http://www.flash.uchicago.edu/~smc">www.flash.uchicago.edu/~smc</a></div>
<div><br>
</div>
</div>
</span></span></div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<br class="Apple-interchange-newline">
</div>
<br>
<div>
<div>On Jul 30, 2014, at 8:43 AM, Matthew Turk <<a href="mailto:matthewturk@gmail.com">matthewturk@gmail.com</a>> wrote:</div>
<br class="Apple-interchange-newline">
<blockquote type="cite">
<p dir="ltr">Hi Kevin,</p>
<p dir="ltr">In version 3.0 of yt it should "just work" to visualize polar coordinates from flash.</p>
<p dir="ltr">Matt</p>
<div class="gmail_quote">On Jul 30, 2014 8:42 AM, "Kevin Olson" <<a href="mailto:Kevin.M.Olson@drexel.edu">Kevin.M.Olson@drexel.edu</a>> wrote:<br type="attribution">
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex; border-left:1px #ccc solid; padding-left:1ex">
Does anyone know how to visualize FLASH results with polar coordinate (r, phi) using either visit or yt ?<br>
<br>
Kevin Olson</blockquote>
</div>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>