<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    <tt>Try 150 for 16^3 blocks. (The exact number depends on the number
      of variables in your problem and memory per core available on your
      machine).<br>
      <br>
      Tomek<br>
      --<br>
    </tt>
    <div class="moz-cite-prefix">On 09/16/14 12:24, Mario Manuel wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:A2D04CE2-323C-4149-AA35-ED685B7BB92C@umich.edu"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      Hi Roman,
      <div><br>
      </div>
      <div>Thanks for the quick response. Using the lrefine_min_init=2
        (I also did =3) worked fine and with lrefine_max set 8 gives me
        a few resolution elements for the amplitude of the perturbation.
        I have also updated the domain and nblockx/nblocky to reflect a
        square cell.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>… now if I only had some more processors to run the
        simulation on. :)</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Any thoughts on setting -maxblocks in the setup file? I
        originally had the default (1000 I think), and I’ve now upped it
        to 5000. My computer hasn’t exploded yet, but I’m not really
        familiar with what determines an optimum number for maxblocks.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Cheers,</div>
      <div>Mario</div>
      <div><br>
      </div>
      <div apple-content-edited="true">
        <div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal;
          orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px;
          text-transform: none; white-space: normal; widows: auto;
          word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; word-wrap:
          break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break:
          after-white-space;">
          <div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal;
            orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px;
            text-transform: none; white-space: normal; widows: auto;
            word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;
            word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space;
            -webkit-line-break: after-white-space;">______________________________________</div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal;
            orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px;
            text-transform: none; white-space: normal; widows: auto;
            word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;
            word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space;
            -webkit-line-break: after-white-space;">                    
                                                                        
                                                         <span
              class="Apple-converted-space"> </span></div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal;
            orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px;
            text-transform: none; white-space: normal; widows: auto;
            word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;
            word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space;
            -webkit-line-break: after-white-space;">Dr. Mario Manuel<br>
            Einstein Postdoctoral Fellow, Smithsonian
            Astrophysical Observatory<br>
            <a moz-do-not-send="true" href="mailto:mmanuel@umich.edu">mmanuel@umich.edu</a><br>
            617-899-8381<br>
            <br>
            University of Michigan<br>
            Space Research Building<br>
            2455 Hayward Street<br>
            Ann Arbor, MI 48109<br>
            Office: 734-764-4585<br>
          </div>
          <div style="color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal;
            orphans: auto; text-align: start; text-indent: 0px;
            text-transform: none; white-space: normal; widows: auto;
            word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px;
            word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space;
            -webkit-line-break: after-white-space;">______________________________________</div>
        </div>
      </div>
      <br>
      <div>
        <div>On Sep 16, 2014, at 4:40 AM, Roman Yurchak <<a
            moz-do-not-send="true" href="mailto:roman.yurchak@crans.org">roman.yurchak@crans.org</a>>
          wrote:</div>
        <br class="Apple-interchange-newline">
        <blockquote type="cite">
          <div style="font-size: 12px; font-style: normal; font-variant:
            normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal;
            line-height: normal; orphans: auto; text-align: start;
            text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal;
            widows: auto; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width:
            0px;">Hi Mario,<br>
            <br>
            I think you must be missing the the lrefine_min_init
            parameter in your<br>
            flash.par that sets the minimum number of refinement levels
            at init time.<br>
            <br>
            For instance with nxb==nxy==16, to resolve a 0.27um
            perturbation, I<br>
            assume you would want at least<br>
            lrefine_max = 8 # with max resolution  300./(16*(2**(8-1)) =
            0.146 µm<br>
            then you would have to set<br>
            lrefine_min_init = 2  # i.e. 9.375 µm, as with a default
            value of 1<br>
            (=18.75µm) you are on the limit of detecting the foil at
            init time.<br>
            <br>
            Besides, it is advised to have square simulations cells,
            that can be<br>
            achieved for a 300 um X 1200 um domain with<br>
            nblockx = 1<br>
            nblocky = 4<br>
            <br>
            Best,<br>
            --<span class="Apple-converted-space"> </span><br>
            Roman Yurchak<br>
            PhD student<br>
            Laboratoire LULI<br>
            Ecole Polytechnique, France<br>
            <br>
            <br>
            On 15/09/14 23:49, Mario Manuel wrote:<br>
            <blockquote type="cite">Hi,<br>
              <br>
              I am trying to setup a simulation that looks at RT growth
              of seeded<br>
              perturbations on a laser-accelerated foil. The foil
              parameters I'd like<br>
              to implement is a 21um thick foil with a 0.27um sinusoidal
              amplitude<br>
              perturbation on it. I have altered the LaserSlab
              simulation initBlock to<br>
              do this and I can successfully create a 21um thick foil
              with a 2um<br>
              perturbation, but as I try to make the perturbation
              smaller, the foil<br>
              entirely disappears from the domain. I have tried to
              change the<br>
              lrefine_max parameter to get the resolution I need, but
              have been thus<br>
              far unsuccessful at getting down to the sub micron level
              that i need to<br>
              run the simulation. I also ran the ./setup with nxb=32 and
              nyb=32 to try<br>
              to get at the problem, but still to no avail.<br>
              <br>
              The domain is rather large, 300 um X 1100 um, due to the
              fact that I<br>
              need to have some computational space given to the
              laser-plasma<br>
              interaction and to allow the foil to accelerate and move
              during the<br>
              simulation.<br>
              <br>
              Any thoughts on how I could better implement my problem?<br>
              <br>
              Cheers,<br>
              Mario<span class="Apple-converted-space"> </span><br>
              <br>
              ______________________________________<br>
              <br>
              <br>
              Dr. Mario Manuel<br>
              Einstein Postdoctoral Fellow, Smithsonian Astrophysical
              Observatory<br>
              <a moz-do-not-send="true" href="mailto:mmanuel@umich.edu">mmanuel@umich.edu</a><span
                class="Apple-converted-space"> </span><<a
                moz-do-not-send="true" href="mailto:mmanuel@umich.edu">mailto:mmanuel@umich.edu</a>><br>
              617-899-8381<br>
              <br>
              University of Michigan<br>
              Space Research Building<br>
              2455 Hayward Street<br>
              Ann Arbor, MI 48109<br>
              Office: 734-764-4585<br>
              ______________________________________<br>
              <br>
            </blockquote>
            <br>
            <br>
            --<span class="Apple-converted-space"> </span><br>
            Roman</div>
        </blockquote>
      </div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>