<div dir="ltr">Hi Joshua,<div><br></div><div>I've struggled with it a little bit before with some success. Below are details :</div><div><br></div><div>First, in <b>Config</b> of your problem directory define following :</div><div>PARAMETER particle_attribute_1 STRING "dens"   and other particle properties </div><div>PARTICLETYPE </div><div>mapmethod for mapping fields onto particles</div><div><br></div><div>Second,  in <b>flash.par</b> set these :</div><div>useParticle = .true.</div><div>frequency of particlefile output</div><div><br></div><div><br></div><div>To read particle file in python(you need only partfiles) : </div><div><br></div><div>import h5py</div><div>import numpy as np</div><div>f=h5py.File("Sod_hdf5_part_0007",'r')</div><div># will give you fields info<br></div><div>f.keys()  </div><div>#will give you all fields mapped to particles, defined in Flash.h during setup</div><div>f['particle names'][:] <br></div><div># complete data-data array(of length equal to no. of fields) for all particles, one of them is #time</div><div>f['tracer particles'][:] </div><div>#now you can plot "posx" vs time for any specific particle or scatter<br></div><div><br></div><div>I haven't been able to include species into particles. Particles does have the field of all species but they are not being filled and have value -1 at all time. These are the files to look into for these - <b>Particle_mapFromMesh.F90, pt_mapFromMeshQuadratic.F90</b>.</div><div><br></div><div>If anybody figure it out, please let us know.</div><div>thank you,</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Rahul Kashyap</div><div>Physics, UMASS Dartmouth.</div><div><br></div><div><br></div><div><br><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Nov 18, 2014 at 1:00 PM,  <span dir="ltr"><<a href="mailto:flash-users-request@flash.uchicago.edu" target="_blank">flash-users-request@flash.uchicago.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-color:rgb(204,204,204);border-left-style:solid;padding-left:1ex">Send flash-users mailing list submissions to<br>
        <a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu">flash-users@flash.uchicago.edu</a><br>
<br>
To subscribe or unsubscribe via the World Wide Web, visit<br>
        <a href="http://flash.uchicago.edu/mailman/listinfo/flash-users" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/mailman/listinfo/flash-users</a><br>
or, via email, send a message with subject or body 'help' to<br>
        <a href="mailto:flash-users-request@flash.uchicago.edu">flash-users-request@flash.uchicago.edu</a><br>
<br>
You can reach the person managing the list at<br>
        <a href="mailto:flash-users-owner@flash.uchicago.edu">flash-users-owner@flash.uchicago.edu</a><br>
<br>
When replying, please edit your Subject line so it is more specific<br>
than "Re: Contents of flash-users digest..."<br>
<br>
<br>
Today's Topics:<br>
<br>
   1.  Plotting particle positions (Joshua Wall)<br>
   2.   Question about ray tracing (pchang)<br>
   3. Re:  Plotting particle positions (Mark L Richardson)<br>
<br>
<br>
----------------------------------------------------------------------<br>
<br>
Message: 1<br>
Date: Mon, 17 Nov 2014 15:31:21 -0500<br>
From: Joshua Wall <<a href="mailto:joshua.e.wall@gmail.com">joshua.e.wall@gmail.com</a>><br>
Subject: [FLASH-USERS] Plotting particle positions<br>
To: <a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu">flash-users@flash.uchicago.edu</a><br>
Message-ID:<br>
        <<a href="mailto:CAHnUEoyp4cCzmi5fcHuNtibas%2By8mbjqgq0Ua-nqpsZb5pZ_2g@mail.gmail.com">CAHnUEoyp4cCzmi5fcHuNtibas+y8mbjqgq0Ua-nqpsZb5pZ_2g@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
Dear Users,<br>
<br>
<br>
    I'm having some difficultly plotting particles in either Visit or yt.<br>
Initially I thought it might be my particular script, but now I'm just<br>
trying to plot the particle in the Sink Momentum Test problem. When I load<br>
the plot files, I don't see a particle subset in Visit. When I load the<br>
checkpoint files or the particle files I see a subset named Particles,<br>
which has posx, posy, and posz. However attempting to scatter plot these is<br>
unsuccessful.<br>
<br>
   In my own script, I don't see anything called Particles in the<br>
checkpoint or particle files, even though I used the Sink Momentum Test par<br>
and config files as a template. If I look at the particle files using<br>
HDFView, I don't see anything labelled "posx", "posy" or "posz".<br>
<br>
   The Sink Momentum Test is being run unedited. My own config file<br>
contains:<br>
<br>
REQUIRES Particles/ParticlesMain/active/Sink<br>
REQUIRES physics/Gravity/GravityMain/Poisson<br>
REQUIRES physics/sourceTerms/Polytrope/PolytropeMain<br>
<br>
    and my par file has:<br>
<br>
<br>
plot_var_12 = "posx"<br>
plot_var_13 = "posy"<br>
plot_var_14 = "posz"<br>
<br>
useParticles              = .true.<br>
useSinkParticles          = .true.<br>
<br>
   among other things.<br>
<br>
<br>
   Can anyone enlighten me on the necessary switches I need to throw in the<br>
config and par files that I am missing to make sure all the data is there<br>
to plot? I should note that for my application I'm specifically needing to<br>
use sink particles (star cluster in a gas).<br>
<br>
Thanks,<br>
<br>
<br>
Joshua Wall<br>
<br>
Doctoral Candidate<br>
Department of Physics<br>
Drexel University<br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20141117/efa8562a/attachment-0001.html" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20141117/efa8562a/attachment-0001.html</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 2<br>
Date: Mon, 17 Nov 2014 16:40:30 -0500<br>
From: pchang <<a href="mailto:pchang@lle.rochester.edu">pchang@lle.rochester.edu</a>><br>
Subject: [FLASH-USERS]  Question about ray tracing<br>
To: <a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu">flash-users@flash.uchicago.edu</a><br>
Message-ID: <<a href="mailto:546A6B4E.4010500@lle.rochester.edu">546A6B4E.4010500@lle.rochester.edu</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1; format=flowed<br>
<br>
Hi all,<br>
I am simulating a cylindrical target being imploded by illuminating 10<br>
laser beams around the cylindrical target. I start with the fully<br>
azimuthal symmetric case first, i.e., all the beams are point to z-axis<br>
(r=0). Following are my questions:<br>
(1) In 2D laser ray tracing in 2D cylindrical symmetric simulation, does<br>
it take the average of the laser energy in azimuthal direction? or does<br>
it just treat the azimuthal direction as one of the boundary? In my<br>
case, 10 beams distributed in azimuthal direction uniformly. How do I<br>
setup the beams?<br>
(a) have only one beam on the plane of phi=0 with the actual laser<br>
energy of single beam?<br>
(b) have only one beam on the plane of phi=0 and with the actual total<br>
laser energy of 10 beams?<br>
(c) have all the beams given in the flash.par with the correct pointing<br>
setup?<br>
<br>
(2) The same question, what if I am using 3D laser ray tracing in 2D<br>
cylindrical symmetric simulation?<br>
<br>
(3) I may use up to 40 beams in future. Especially I may use 3D ray<br>
tracing in 2D cylindrical symmetry since I may point the laser off<br>
z-axis. Do I type the laser setting manually in flash.par? or can I have<br>
a subroutine to generate the beams just like Simulation_initBlock.f90 is<br>
used to generate the target?<br>
<br>
Thank you<br>
<br>
Po-Yu<br>
<br>
--<br>
Po-Yu Chang<br>
Postdoc<br>
Fusion Science Center,<br>
Laboratory for Laser Energetics<br>
University of Rochester<br>
250 East River Road<br>
Rochester, New York 14623<br>
Phone: (585) 273-5179<br>
FAX: (585) 275-5960<br>
<a href="mailto:pchang@lle.rochester.edu">pchang@lle.rochester.edu</a><br>
<br>
<br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
Message: 3<br>
Date: Tue, 18 Nov 2014 09:37:10 +0000<br>
From: Mark L Richardson <<a href="mailto:Mark.L.Richardson@asu.edu">Mark.L.Richardson@asu.edu</a>><br>
Subject: Re: [FLASH-USERS] Plotting particle positions<br>
To: Joshua Wall <<a href="mailto:joshua.e.wall@gmail.com">joshua.e.wall@gmail.com</a>><br>
Cc: "<a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu">flash-users@flash.uchicago.edu</a>" <<a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu">flash-users@flash.uchicago.edu</a>><br>
Message-ID:<br>
        <CAPAaoGXhVUtMfn7i70bUigUKA3CLJq=<a href="mailto:zYyX42HGSLFU-WV3%2BHw@mail.gmail.com">zYyX42HGSLFU-WV3+Hw@mail.gmail.com</a>><br>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>
<br>
If I remember correctly, particle data cannot be added to the plot files.<br>
Instead all particle variables are found in the particle files and in the<br>
checkpoint files under tracer\ particles. The variable names are defined in<br>
particle\ names.<br>
<br>
If you want to see the particle data in the grid (assuming active<br>
particles) then add pden to your plot_vars, as that's the density from<br>
particles mapped to the grid for the gravity solver.<br>
<br>
I'm as yet unfamiliar with how yt handles particles in FLASH, but pre-3.0<br>
you needed to use the checkpoint file if you wanted yt to see them. There<br>
may be a way now to read the particle files, but I'm not sure. I don't have<br>
experience with Visit, sorry.<br>
<br>
Good luck,<br>
  -Mark<br>
<br>
On Mon, Nov 17, 2014 at 8:31 PM, Joshua Wall <<a href="mailto:joshua.e.wall@gmail.com">joshua.e.wall@gmail.com</a>><br>
wrote:<br>
<br>
> Dear Users,<br>
><br>
><br>
>     I'm having some difficultly plotting particles in either Visit or yt.<br>
> Initially I thought it might be my particular script, but now I'm just<br>
> trying to plot the particle in the Sink Momentum Test problem. When I load<br>
> the plot files, I don't see a particle subset in Visit. When I load the<br>
> checkpoint files or the particle files I see a subset named Particles,<br>
> which has posx, posy, and posz. However attempting to scatter plot these is<br>
> unsuccessful.<br>
><br>
>    In my own script, I don't see anything called Particles in the<br>
> checkpoint or particle files, even though I used the Sink Momentum Test par<br>
> and config files as a template. If I look at the particle files using<br>
> HDFView, I don't see anything labelled "posx", "posy" or "posz".<br>
><br>
>    The Sink Momentum Test is being run unedited. My own config file<br>
> contains:<br>
><br>
> REQUIRES Particles/ParticlesMain/active/Sink<br>
> REQUIRES physics/Gravity/GravityMain/Poisson<br>
> REQUIRES physics/sourceTerms/Polytrope/PolytropeMain<br>
><br>
>     and my par file has:<br>
><br>
><br>
> plot_var_12 = "posx"<br>
> plot_var_13 = "posy"<br>
> plot_var_14 = "posz"<br>
><br>
> useParticles              = .true.<br>
> useSinkParticles          = .true.<br>
><br>
>    among other things.<br>
><br>
><br>
>    Can anyone enlighten me on the necessary switches I need to throw in<br>
> the config and par files that I am missing to make sure all the data is<br>
> there to plot? I should note that for my application I'm specifically<br>
> needing to use sink particles (star cluster in a gas).<br>
><br>
> Thanks,<br>
><br>
><br>
> Joshua Wall<br>
><br>
> Doctoral Candidate<br>
> Department of Physics<br>
> Drexel University<br>
><br>
<br>
<br>
<br>
--<br>
Mark Richardson,<br>
<a href="mailto:Mark.L.Richardson@asu.edu">Mark.L.Richardson@asu.edu</a><br>
Ph.D. Astrophysics<br>
Beecroft Postdoctoral Fellow<br>
Department of Physics, University of Oxford<br>
<a href="tel:%2B44%207445%20922707" value="+447445922707">+44 7445 922707</a><br>
<a href="http://www.public.asu.edu/~mlricha4" target="_blank">www.public.asu.edu/~mlricha4</a><br>
-------------- next part --------------<br>
An HTML attachment was scrubbed...<br>
URL: <a href="http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20141118/9abd55cf/attachment-0001.html" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/pipermail/flash-users/attachments/20141118/9abd55cf/attachment-0001.html</a><br>
<br>
------------------------------<br>
<br>
_______________________________________________<br>
flash-users mailing list<br>
<a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu">flash-users@flash.uchicago.edu</a><br>
<a href="http://flash.uchicago.edu/mailman/listinfo/flash-users" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/mailman/listinfo/flash-users</a><br>
<br>
<br>
End of flash-users Digest, Vol 85, Issue 8<br>
******************************************<br>
</blockquote></div><br></div></div></div>