<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Hi Klaus and Mordecai Mac,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Thanks again for the help.  I think I understand what will work with FLASH now.  I will give some of these suggestions a try.</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Best,</div><div class="gmail_default" style="font-family:verdana,sans-serif">Wes</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Wed, Jun 22, 2016 at 10:03 AM, Klaus Weide <span dir="ltr"><<a href="mailto:klaus@flash.uchicago.edu" target="_blank">klaus@flash.uchicago.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On Tue, 21 Jun 2016, Weston Lowrie wrote:<br>
<br>
> Hi Klaus,<br>
><br>
> Thanks for the helpful response.  I think I understand the issues better<br>
> now.<br>
> For my option (1) it would probably involve creating a new Unit, but I<br>
> gather it may be pretty complicated to tie all the other existing<br>
> Units/physics such that they can work together?<br>
<br>
</span>Yes.<br>
<br>
[This message was written before I saw Mordecai Mac Low's response<br>
pointing to the implementation of Duffin & Pudritz for ambipolar<br>
diffusion. I am not familiar with that implementation, the below applies to<br>
the unmodified MHD implementations of FLASH.]<br>
<span class=""><br>
> Option (2) or the 3T mode seems like it would be the easiest path.  Do you<br>
> know how the MHD unit works with different species states?  For instance<br>
> would only the ionized species be affected by the magnetic field?  I<br>
> imagine the "bulk" density of all species is advanced in the momentum<br>
> equation, and therefore the field impacts the whole fluid?<br>
<br>
</span>Yes to the latter. There is only one "fluid", with just one macroscopic<br>
velocity field, in the MHD approximation. And MHD does not care how the<br>
fluid is made up of ions of different charge states, all it cares about<br>
are macroscopic quantities, including the electron number density (ONE<br>
scalar field for the whole fluid). So in this approximation, there is no<br>
way to describe different macroscopic behavior of the ionized part of the<br>
fluid vs the part consisting of neutrals. What matters to MHD is the<br>
resulting electron density.<br>
<br>
All this is pretty much implied by the system of equations that FLASH's<br>
MHD solver purports to solve (as documented in the U.G. and other places).<br>
<br>
You should find it easy to just add some species to an existing test -<br>
come up with some reasonable initial condition, and implement it in<br>
Simulation_initBlock; use a Multispecies Eos - and visualize how this<br>
changes the behavior of the other quantities (or not).<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Klaus<br>
</font></span></blockquote></div><br></div>