<span></span>Thank you very much. In fact my code is now just using PARAMESH amr package and the HDF5 files is generated by papamesh 's <font size="2"><span style="background-color:rgba(255,255,255,0)">parallel HDF5 I/O. We have not finished the shift from paramesh to flash.</span></font><div><font size="2"><span><br></span></font></div><div><font size="2"><span>Now I want to open these hdf5 files by visit. But I can only do this when the hdf5 file is written by only one processor. When the  MPI is used to write the hdf5 file, my present visit on ubuntu can not open it rightly.</span></font></div><div><font size="2"><span><br></span></font></div><div><font size="2"><span>That the situation and why I am asking parallel visit things.</span></font></div><div><font size="2"><span><br></span></font></div><div><font size="2"><span>Regards.<span></span><br></span></font><br>2016年9月21日星期三，Scott Feister <<a href="javascript:_e(%7B%7D,'cvml','sfeister@gmail.com');" target="_blank">sfeister@gmail.com</a>> 写道：<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi Simon,<br><br></div>Just to clarify, are you having trouble when opening an HDF5 made by using FLASH's parallel HDF5 I/O, or trying to run a parallel installation VisIt <i>itself</i>? Or both?<br><br></div>Best,<br><br></div>Scott<br><div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br>Scott Feister, Ph.D.<br>Postdoctoral Researcher, Flash Center for Computational Science<br></div><div>University of Chicago, Department of Astronomy and Astrophysics<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 21, 2016 at 8:25 AM, Simon Don <span dir="ltr"><<a>simondonxq@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all:<div><br></div><div>I now get some result data of AMR. It is written by Fujitsu MPI in hdf5 format. I want to use VisIt to visualize it. </div><div><br></div><div>I downloaded the built <a href="https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables" target="_blank">executable</a>s from the visit homepage and installed it on my ubuntu computer. When I use it to open hdf5 generated by one processor, it works well. We I open file generated by MPI, the display is not right or sometimes I can't open the file.  </div><div><br></div><div>So my question is, now the executables of VisIt for ubuntu are without mpi and can't support MPI? In order to get a parallel VisIt on ubuntu, I need to install from the source code and build it by myself with the certain MPI library options?</div><div><br></div>As I said, the MPI used for calculations is Fujitsu MPI, so I have to build a parallel VisIt with Fujitsu MPi to open such a data file? Can i build a parallel visit using other mpi like openmpi and open a data file generated by Fujitsu mpi?<div><br></div><div>Anyone who is familiar with this? Thank you very much!!</div><div><br></div>Shimon
</blockquote></div><br></div>
</blockquote></div>
<br>