<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Simon,<br><br></div>Just to clarify, are you having trouble when opening an HDF5 made by using FLASH's parallel HDF5 I/O, or trying to run a parallel installation VisIt <i>itself</i>? Or both?<br><br></div>Best,<br><br></div>Scott<br><div><div><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br>Scott Feister, Ph.D.<br>Postdoctoral Researcher, Flash Center for Computational Science<br></div><div>University of Chicago, Department of Astronomy and Astrophysics<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Wed, Sep 21, 2016 at 8:25 AM, Simon Don <span dir="ltr"><<a href="mailto:simondonxq@gmail.com" target="_blank">simondonxq@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">Dear all:<div><br></div><div>I now get some result data of AMR. It is written by Fujitsu MPI in hdf5 format. I want to use VisIt to visualize it. </div><div><br></div><div>I downloaded the built <a href="https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit/executables" target="_blank">executable</a>s from the visit homepage and installed it on my ubuntu computer. When I use it to open hdf5 generated by one processor, it works well. We I open file generated by MPI, the display is not right or sometimes I can't open the file.  </div><div><br></div><div>So my question is, now the executables of VisIt for ubuntu are without mpi and can't support MPI? In order to get a parallel VisIt on ubuntu, I need to install from the source code and build it by myself with the certain MPI library options?</div><div><br></div>As I said, the MPI used for calculations is Fujitsu MPI, so I have to build a parallel VisIt with Fujitsu MPi to open such a data file? Can i build a parallel visit using other mpi like openmpi and open a data file generated by Fujitsu mpi?<div><br></div><div>Anyone who is familiar with this? Thank you very much!!</div><div><br></div>Shimon
</blockquote></div><br></div>