<div dir="ltr"><div><div><div>Hi Chandrasekhar,<br><br></div>Just on quick glance, it looks like there may be <i>HDF5 </i>errors (I/O) and <i>Hypre </i>errors (matrix operations library). Did you install these libraries yourself? Which versions of each are you using?<br><br></div>Best,<br><br></div>Scott<br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br>Scott Feister, Ph.D.<br>Postdoctoral Researcher, Flash Center for Computational Science<br></div><div>University of Chicago, Department of Astronomy and Astrophysics<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
<br><div class="gmail_quote">On Sat, Dec 31, 2016 at 12:06 AM, chandra sekhar Shukla <span dir="ltr"><<a href="mailto:chandrasekhar.shukla@gmail.com" target="_blank">chandrasekhar.shukla@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div class="gmail_default"><font face="arial, helvetica, sans-serif">Hi everyone & happy new year,</font><br><br>Firstly I am using the setup script, as detailed in the user guide:</div><div class="gmail_default"><br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><font face="monospace, monospace"> ./setup -auto LaserSlab -2d -nxb=16 -nyb=16 +hdf5typeio \<br>species=cham,targ +mtmmmt +laser +uhd3t +mgd mgd_meshgroups=6 \<br>-parfile=example.par</font></blockquote><div><br></div><font face="arial, helvetica, sans-serif">I am running into this error:</font></div><br>io_h5file_interface.o: In function `io_h5init_file_':<br>/home/chandra/Downloads/<wbr>FLASH4.4/object/io_h5file_<wbr>interface.c:165: undefined reference to `H5Pset_fapl_mpio'<br>io_h5file_interface.o: In function `io_h5open_file_for_read_':<br>/home/chandra/Downloads/<wbr>FLASH4.4/object/io_h5file_<wbr>interface.c:273: undefined reference to `H5Pset_fapl_mpio'<br>io_h5read_unknowns.o: In function `io_h5read_unknowns_':<br>/home/chandra/Downloads/<wbr>FLASH4.4/object/io_h5read_<wbr>unknowns.c:53: undefined reference to `H5Pset_dxpl_mpio'<br>io_h5write_unknowns.o: In function `io_h5write_unknowns_':<br>/home/chandra/Downloads/<wbr>FLASH4.4/object/io_h5write_<wbr>unknowns.c:156: undefined reference to `H5Pset_dxpl_mpio'<br>io_h5write_unknowns_sp.o: In function `io_h5write_unknowns_sp_':<br>/home/chandra/Downloads/<wbr>FLASH4.4/object/io_h5write_<wbr>unknowns_sp.c:237: undefined reference to `H5Pset_dxpl_mpio'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(par_gsmg.o): In function `hypre_BoomerAMGFitVectors':<br>par_gsmg.c:(.text+0x1d9d): undefined reference to `hypre_dgels'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(par_relax.o): In function `hypre_BoomerAMGRelax':<br>par_relax.c:(.text+0xf6d5): undefined reference to `hypre_dgetrf'<br>par_relax.c:(.text+0xf725): undefined reference to `hypre_dgetrs'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(schwarz.o): In function `hypre_<wbr>AMGNodalSchwarzSmoother':<br>schwarz.c:(.text+0xc00): undefined reference to `hypre_dpotrf'<br>schwarz.c:(.text+0xe9e): undefined reference to `hypre_dpotrf'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(schwarz.o): In function `hypre_ParMPSchwarzSolve':<br>schwarz.c:(.text+0x1e30): undefined reference to `hypre_dgetrs'<br>schwarz.c:(.text+0x1e8c): undefined reference to `hypre_dpotrs'<br>schwarz.c:(.text+0x25be): undefined reference to `hypre_dgetrs'<br>schwarz.c:(.text+0x261a): undefined reference to `hypre_dpotrs'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(schwarz.o): In function `hypre_MPSchwarzSolve':<br>schwarz.c:(.text+0x2e34): undefined reference to `hypre_dgetrs'<br>schwarz.c:(.text+0x2e84): undefined reference to `hypre_dpotrs'<br>schwarz.c:(.text+0x31d6): undefined reference to `hypre_dgetrs'<br>schwarz.c:(.text+0x3226): undefined reference to `hypre_dpotrs'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(schwarz.o): In function `hypre_MPSchwarzCFSolve':<br>schwarz.c:(.text+0x372b): undefined reference to `hypre_dgetrs'<br>schwarz.c:(.text+0x377b): undefined reference to `hypre_dpotrs'<br>schwarz.c:(.text+0x3b21): undefined reference to `hypre_dgetrs'<br>schwarz.c:(.text+0x3b71): undefined reference to `hypre_dpotrs'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(schwarz.o): In function `hypre_MPSchwarzFWSolve':<br>schwarz.c:(.text+0x4015): undefined reference to `hypre_dgetrs'<br>schwarz.c:(.text+0x4065): undefined reference to `hypre_dpotrs'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(schwarz.o): In function `hypre_MPSchwarzCFFWSolve':<br>schwarz.c:(.text+0x457e): undefined reference to `hypre_dgetrs'<br>schwarz.c:(.text+0x45ce): undefined reference to `hypre_dpotrs'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(schwarz.o): In function `hypre_AMGCreateDomainDof':<br>schwarz.c:(.text+0x63a5): undefined reference to `hypre_dgetrf'<br>schwarz.c:(.text+0x63de): undefined reference to `hypre_dpotrf'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(schwarz.o): In function `hypre_AdSchwarzSolve':<br>schwarz.c:(.text+0x88cb): undefined reference to `hypre_dgetrs'<br>schwarz.c:(.text+0x8912): undefined reference to `hypre_dpotrs'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(schwarz.o): In function `hypre_AdSchwarzCFSolve':<br>schwarz.c:(.text+0x8d0f): undefined reference to `hypre_dgetrs'<br>schwarz.c:(.text+0x8d56): undefined reference to `hypre_dpotrs'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(schwarz.o): In function `hypre_ParAdSchwarzSolve':<br>schwarz.c:(.text+0x965a): undefined reference to `hypre_dgetrs'<br>schwarz.c:(.text+0x96b6): undefined reference to `hypre_dpotrs'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(schwarz.o): In function `hypre_ParAMGCreateDomainDof':<br>schwarz.c:(.text+0xbd47): undefined reference to `hypre_dgetrf'<br>schwarz.c:(.text+0xbd80): undefined reference to `hypre_dpotrf'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(ParaSails.o): In function `ComputeValuesSym':<br>ParaSails.c:(.text+0x211b): undefined reference to `hypre_dpotrf'<br>ParaSails.c:(.text+0x2176): undefined reference to `hypre_dpotrs'<br>/usr/local/hypre/lib/libHYPRE.<wbr>a(ParaSails.o): In function `ComputeValuesNonsym':<br>ParaSails.c:(.text+0x2973): undefined reference to `hypre_dgels'<br>collect2: error: ld returned 1 exit status<br>make: *** [flash4] Error 1<br>chandra@chandra-Inspiron-3558:<wbr>~/Downloads/FLASH4.4/object$ <br>Does anyone help me to getting the soulation of this?<br><br></div>thanks in advance.<br><div><br>With Warm Regards,<br><br clear="all"><div><div class="m_2819335765608504012gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div><font color="#38761d">CHANDRASEKHAR SHUKLA<br></font></div><font color="#38761d">INSTITUTE FOR PLASMA RESEARCH<br></font></div><font color="#38761d">GANDHINAGAR,GUJRAT, INDIA<br></font><div><div><div><br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>
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</blockquote></div><br></div>