<div dir="ltr">Klaus and Scott,<div><br></div><div>Okay, I will work on getting it compiled in debug and report back what I find out. Yes, I have configured the makefile and verified that it is pointing to all the right places, but thank you for checking.</div><div><br></div><div>Thanks, </div><div>Joel</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 21, 2017 at 11:53 PM, Scott Feister <span dir="ltr"><<a href="mailto:sfeister@gmail.com" target="_blank">sfeister@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Joel,<br><br>Glad to hear you're starting to use FLASH! I'll add to what Klaus said (and forgive me if this was obvious to you): After you installed versions of the various dependencies, did you add the paths to each of these libraries into a custom-tailored Makefile?<br><br></div><div>I usually make a folder "[FLASHSOURCE]/sites/<wbr>scottlaptop" and put a custom Makefile.h into that folder (in my case, I copy .../sites/Prototypes/Linux/<wbr>Makefile.h and edit the first few lines pertaining to hypre, MPI, and hdf5). Then, I append the flag "-site=scottlaptop" to my setup flag.<br><br></div>Scott<br></div><div class="gmail_extra"><br clear="all"><div><div class="m_-1630511829422871345gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><br>Scott Feister, Ph.D.<br>Postdoctoral Researcher, Flash Center for Computational Science<br></div><div>University of Chicago, Department of Astronomy and Astrophysics<br></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div><div><div class="h5">
<br><div class="gmail_quote">On Tue, Feb 21, 2017 at 10:02 PM, Klaus Weide <span dir="ltr"><<a href="mailto:klaus@flash.uchicago.edu" target="_blank">klaus@flash.uchicago.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span>On Tue, 21 Feb 2017, Joel Long wrote:<br>
<br>
> I am a new user just getting setup with FLASH. I am working on macOS<br>
> 10.12.3. I have installed current versions of MPICH, Hypre, hdf5, etc.<br>
><br>
> As a starting point, I am trying to run the Sedov explosion problem as<br>
> described in the quick start section of the manual.<br>
</span>.....<br>
<span>> Program received signal SIGSEGV: Segmentation fault - invalid memory<br>
> reference.<br>
><br>
> Backtrace for this error:<br>
> #0  0x1048ce579<br>
> #1  0x1048cd945<br>
> #2  0x7fffe09d4bb9<br>
><br>
><br>
> Can anyone recommend what might be going wrong, or how I should proceed? I<br>
> can recompile with debugging symbols, but I'm doubting the root issue is<br>
> actually a problem in the code, and if it were I wouldn't know how to fix<br>
> it anyway.<br>
<br>
</span>Definitely try to compile with debugging, then run in gdb. This should at<br>
least give you a better idea which part of the code is involved, and<br>
possibly which library.<br>
<br>
Problems are often caused by incompatible libraries, especially if there<br>
are several versions of a library present in the system.<br>
<span class="m_-1630511829422871345HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Klaus<br>
</font></span></blockquote></div><br></div></div></div>
</blockquote></div><br></div>