<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">Hi Siyi,<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">No problem. I'll try to help the best I can because I am still learning this code too. I think you may have two problems, I'll address both:<br><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small">1. <b>The dependency error:</b> Your original error is looking for <i>HYPREf.h </i>as an include in that particular .F90 file. However it cannot find it. Can you type the command <span style="font-family:monospace,monospace">module list <font face="arial,helvetica,sans-serif">and see if you have HYPRE loaded? Do you need the <i>HYPREPATH</i> in your particular <i>Makefile.h</i> for the machine you're on? <br><br>e.g On the cluster I use, I have <i>HYPRE_PATH = /software/hypre/2.9.0b/b1 </i>in my Makefile.h (see under <i>sites/ </i>in the top directory for FLASH). Do you have the same version loaded when you type </font>module list <font face="arial,helvetica,sans-serif">in the command line?</font></span><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:small"><br>2. <b>Setting up:</b> I think your setup-script looks alright besides a few things, I would definitely add the <span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(0,0,0)">blocks you want in each direction, and then I think you'll want to add that you're doing this in cylindrical, and that you want to use magnetic fields (hence z-pinch!). I think I've tried to run this before as a test and I don't remember if I had it like this or not:<br><br>e.g.<br></span></span><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(0,0,0)"><span style="font-family:monospace,monospace">./setup -auto magnetoHD/NohCylindrical -3d +cylindrical -nxb=16 -nyb=16 -nzb=16 +usm<br></span></span></span></blockquote><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(0,0,0)"><br></span></span></div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(0,0,0)">Of course you could add more to your set up script. Look at the user guide to see what more you may need (<a href="http://flash.uchicago.edu/site/flashcode/user_support/">http://flash.uchicago.edu/site/flashcode/user_support/</a>). You can choose to use the unsplit staggered mesh (<span style="font-family:monospace,monospace">+usm</span>), or 8-wave (<span style="font-family:monospace,monospace">+8wave</span>) approach for magnetic fields. See the documentation for more info (Section 14.3). I think <span style="font-family:monospace,monospace">+usm</span> would be suggested. The <span style="font-family:monospace,monospace">nx*=16</span> are the number of blocks you want for each dimension. I think you'd want to include these things in your set up at least.<br><br></span></span></div><div><span style="background-color:rgb(255,255,255)"><span style="color:rgb(0,0,0)">Best,<br>Marissa</span></span><br></div></div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 10, 2017 at 7:23 PM, Siyi Yu <span dir="ltr"><<a href="mailto:siyiyu@lbl.gov" target="_blank">siyiyu@lbl.gov</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hi Marissa,<br></div>Thank you for your response. It is the first time that I simulate this problem, I have simply set up the original problem in the given Nohcylindrical directory with ./setup magnetoHD/NohCylindrical -3d -auto -objdir=blablabla/. Isn't it the right way?<br></div>Best Regards,<br></div>Siyi YU<br><div><div><br><br></div></div></div><div class="HOEnZb"><div class="h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Mon, Apr 10, 2017 at 4:14 PM, Marissa Adams <span dir="ltr"><<a href="mailto:madams@pas.rochester.edu" target="_blank">madams@pas.rochester.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="auto">Hi Siyi,<div dir="auto"><br></div><div dir="auto">This looks like a dependency error. Do did you have hypre loaded?</div><span class="m_-3874784766527342082HOEnZb"><font color="#888888"><div dir="auto"><br></div><div dir="auto">Marissa</div></font></span></div><div class="m_-3874784766527342082HOEnZb"><div class="m_-3874784766527342082h5"><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Apr 10, 2017 18:44, "Siyi Yu" <<a href="mailto:siyiyu@lbl.gov" target="_blank">siyiyu@lbl.gov</a>> wrote:<br type="attribution"><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div><div><div>Hello,<br></div>Has anyone used Flash to simulate Z-Pinch problem? The example of magnetoHD/NohCylindrical? When I try to compile in the object directory it shows that there miss a document, the HYPREf.h not found. Maybe someone can help me please?<br></div>Best Regards,<br></div>Siyi YU<br><div><div><img alt="Inline image 1" src="cid:ii_15b5a06a343a52df" width="442" height="271"><br></div></div></div>
</blockquote></div></div>
</div></div></blockquote></div><br></div>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><div class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><font size="1" face="monospace, monospace"><span style="color:rgb(0,0,0)">Marissa Adams                                 <font size="1">E-mail:<a> </a><a href="mailto:madams@pas.rochester.edu" target="_blank">madams@pas.rochester.edu</a></font><br>PhD Student                                   Ph: (585) 402-5779</span></font></div><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><font size="1" face="monospace, monospace"><span style="color:rgb(0,0,0)">University of Rochester                       Website: <a href="http://www.pas.rochester.edu/~madams/" target="_blank">http://www.pas.rochester.edu/~madams/</a></span></font></div><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><font size="1" face="monospace, monospace"><span style="color:rgb(0,0,0)">Department of Physics & Astronomy</span></font></div><div dir="ltr" style="font-size:12.8px"><font size="1" face="monospace, monospace"><span style="color:rgb(0,0,0)">108 Bausch & Lomb Hall<br>P.O. Box 270171</span></font></div></div></div></div></div></div></div></div>
</div>