<div dir="ltr"><div><div><div><div>Hi,<br></div>Thank you very much for your suggestions. I am not on the cluster but on a Mac desktop. After that I have well installed Hypre and have added the path to the Makefile.h in the sites/<my computer>. Now there is a new problem:<br><img alt="Inline image 1" src="cid:ii_15b5ecc88d665345" height="134" width="473"><br></div>Do you know maybe the solution?<br></div>Best Regards,<br></div>Siyi<br></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">On Tue, Apr 11, 2017 at 7:15 AM, Klaus Weide <span dir="ltr"><<a href="mailto:klaus@flash.uchicago.edu" target="_blank">klaus@flash.uchicago.edu</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><span class="">On Mon, 10 Apr 2017, Marissa Adams wrote:<br>
<br>
> e.g.<br>
><br>
> > ./setup -auto magnetoHD/NohCylindrical -3d +cylindrical -nxb=16 -nyb=16<br>
> > -nzb=16 +usm<br>
<br>
</span>I would not recommend combining "-3d" and "+cylindrical", at least for<br>
beginners. Not sure right now to what degree (a) the NohCylindrical<br>
problem and (b) support 3D cylindrical geometry; but in the usual use<br>
cases,<br>
 * use 2D for cylindrical geometry and<br>
 * used Cartesian geometry for 3D.<br>
<span class=""><br>
> Of course you could add more to your set up script. Look at the user<br>
> guide to see what more you may need (<br>
> <a href="http://flash.uchicago.edu/site/flashcode/user_support/" rel="noreferrer" target="_blank">http://flash.uchicago.edu/<wbr>site/flashcode/user_support/</a>). You can choose<br>
> to use the unsplit staggered mesh (+usm), or 8-wave (+8wave) approach<br>
> for magnetic fields. See the documentation for more info (Section 14.3).<br>
> I think +usm would be suggested.<br>
<br>
</span>Yes.<br>
<span class=""><br>
> The nx*=16 are the number of blocks you want<br>
> for each dimension.<br>
<br>
</span>Small correction: -nxb, -nyb, -nzb specify the number of (interior) cells<br>
per block. The number of blocks will depend on refinement levels<br>
and refinement criteria, nblockx/nblocky/nblockz parameters, etc.<br>
(and different runtime parameters for the Uniform Grid implementation).<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
Klaus<br>
</font></span></blockquote></div><br></div>