<div dir="ltr">Dear all,<div><br></div><div>I have not fixed the issue of zero density values within Eos yet but would like to share the following update and would be very grateful for help in understanding why unk (in the physicaldata module) would have all zero values despite solnData receiving values in Simulation_initBlock.</div><div><br></div><div>First, I should mention that the error occurs in eos_idealGamma which is called by Eos -> Eos_wrapped -> Eos_guardCells -> Grid_fillGuardCells -> Grid_markRefineDerefine -> gr_expandDomain -> Grid_initDomain -> Driver_initFlash</div><div><br></div><div>At first, I found that the minimum value of density was zero at the end of Simulation_initBlock because the loop setting density did not include guard cells. So, I modified that (replaced blkLimits with blkLimitsGC for the loop start and stop values) and found that the minimum density was fine until after the call to amr_guardcells in Grid_fillGuardCells.</div><div><br></div><div>Within Grid_fillGuardCells, just before the call to amr_guardcells I found that minval(solnData(DENS_VAR,:,:,:) was the value I set for all (5) blocks. However, the very start of amr_guardcells (within mpi_amr_guardcells.F90) has minval(unk(DENS_VAR,:,:,:,:) = 0.0 (and also all zeros for all other variables).</div><div><br></div><div><br></div><div>Additionally, the end result of amr_guardcells is to set the density = -1.0 for the parent block while setting the density to zero for the leaf blocks. </div><div><br></div><div>This is undesirable yet I am not sure how to proceed. I'd be very grateful for any suggestions or ideas people may have.</div><div><br></div><div>Best<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">--------<div>Ryan Farber</div><div>PhD Candidate, University of Michigan</div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sat, Feb 2, 2019 at 1:12 PM Ryan Farber <<a href="mailto:rjfarber@umich.edu">rjfarber@umich.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">Dear FLASH users,<div><br></div><div>TL;DR: Setting xl_boundary_type = "user", cells are filled with zero density although Grid_bcApplyToRegionSpecialized was not yet called. There is no such problem with all periodic BCs. If someone familiar with user BCs could mention which additional routines are executed that I might want to look into to debug this problem I'd very much appreciate it.</div><div><br></div><div>=========================================================</div><div><br></div><div>I am trying to modify the Torus problem included in FLASH4.5 to include a magnetized inflow from the lower x-boundary. </div><div><br></div><div>So, I modified flash.par to turn off gravity, comment out gr_prmp* variables, set geometry to cartesian, lrefine_min = 3, and set all BCs to periodic except xl_boundary_type = "user".</div><div><br></div><div>Additionally, I modified Simulation_initBlock so the domain is initially at a uniform density and temperature with zero velocity and zero magnetic field.</div><div><div dir="ltr" class="gmail-m_-7606397459238128042gmail_signature"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><div>When I run the simulation with all BCs set to periodic, I receive many warning messages about the density being the value I set (modulo roundoff error) with a lot of output (possibly printing the entire density array?); however, it runs to completion fine and plots show the domain remained uniform (as to be expected).</div><div><br></div><div>However, when I set xl_boundary_type = "user" then the warning messages say minimum density is -1.0 and it crashes with:</div><div>





<p class="gmail-m_-7606397459238128042gmail-p1" style="margin:0px;font-variant-numeric:normal;font-variant-east-asian:normal;font-stretch:normal;font-size:11px;line-height:normal;font-family:Menlo;color:rgb(0,0,0)"><span class="gmail-m_-7606397459238128042gmail-s1" style="font-variant-ligatures:no-common-ligatures">ERROR After calling Eos, eosData(EOS_EINT) or eosData(EOS_DENS) are zero</span></p></div><div dir="ltr"><br></div><div>Compiling with -debug I receive a "floating invalid" error with traceback to eos_idealGamma.F90 with a line in which there is a division by density (which is zero, triggering the floating invalid error). However, I have write statements at the start of Grid_bcApplyToRegionSpecialized that are never executed suggesting that routine is not called yet.</div><div><br></div><div>I am seeking to eliminate this zero density issue; I'd be very grateful for any pointers those familiar with user BCs could point out.</div><div><br></div><div>Best,</div><div>--------</div><div dir="ltr"><div>Ryan Farber<br></div><div>PhD Candidate, University of Michigan</div></div></div></div></div></div></div>
</blockquote></div>