<div dir="ltr"><div>Hi Zhang,</div><div><br></div><div>It sounds like there is an issue with the Makefile.h in your /...path_to_flash/sites/your_hostname/Makefile.h file. (Though, if you haven't created a directory in sites matching your hostname then it'll use the Makefile.h in sites/Prototypes/Linux/ (unless that has changed between 4.2.2 and 4.6)).</div><div><br></div><div>Have you updated the Makefile.h with the new paths for mpich, hdf5, etc It sounds like you have since it compiled successfully.</div><div>The warnings suggest you may have forgotten to modify FFLAGS_OPT. I'm not intimately familiar with compiler options, but I use -r8 to make fortran reals default to double precision.</div><div><br></div><div>I haven't seen your runtime error before, but think it would be a good idea for you to look over your Makefile.h (double check MPI_PATH or MPI_HOME (whichever is used later on), HDF5_PATH and so on are correct for the system, double check FCOMP, COMP, CPPCOMP, LINK have correct paths for the system, and that FFLAGS_OPT (or FFLAGS_DEBUG if you're using '-debug' setup option) and CFLAGS_OPT have the desired compiler options.</div><div><br></div><div>Best,<br></div><div><div><div dir="ltr" class="m_476938929680454139gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">--------<div>Ryan</div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, May 13, 2019 at 10:08 AM zdy0903 <<a href="mailto:zdy0903@stu.xjtu.edu.cn" target="_blank">zdy0903@stu.xjtu.edu.cn</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><span style="font-family:SimSun"></span><span style="font-family:SimSun">
<p>
        <span>Hi!</span>
</p>
<p>
        <span> </span>
</p>
<p>
        <span><span> 
Recently, we want to install FLASH4.6 and related application like
mpich, HDF5, Hypre in centOS system. Before, we have successfully install it on
Ubuntu system. However, after all the intallation, we meet several problems.</span></span>
</p>
<p>
        <span> </span>
</p>
<p>
        <span><span> 
Firstly, when excuting "make" process, we meet a warning like: </span></span>
</p>
<p>
        <i><span>warning
#10006: ignoring unknown option '-fdefault-real-8'</span></i>
</p>
<p>
        <i><span>warning
#10006: ignoring unknown option '-fdefault-double-8'</span></i>
</p>
<p>
        <i><span>warning
#10157: ignoring option '-W'; argument is of wrong type </span></i>
</p>
<p>
        <span> </span>
</p>
<p>
        <span><span>  This
is not shown on the installation process for ubuntu system. However, it can
still “make” sucessfully. But when we excute mpich -np 2 ./flash4, there is
problem like: </span></span>
</p>
<p>
        <i><span>./flash4:
symbol lookup error: ./flash4: undefined symbol: for__pthread_mutex_unlock_ptr</span></i>
</p>
<p>
        <i><span>./flash4:
symbol lookup error: ./flash4: undefined symbol: for__pthread_mutex_unlock_ptr </span></i>
</p>
<p>
        <span> </span>
</p>
<p>
        <span><span>  And
the process stop immediately.</span></span>
</p>
<p>
        <span> </span>
</p>
<p>
        <span><span>  we
use CentOS 6.1, mpich3.3 hypre-2.11.1 hdf5-1.8.17. Do you know how to solve
this problem?</span></span>
</p>
<p>
        <span> </span>
</p>
<p>
        <span><span> 
Thank you very much!</span></span>
</p>
<p>
        <span> </span>
</p>
<p>
        <span> </span>
</p>
<p>
        <span> </span>
</p>
<p>
        <span>Yours</span>
</p>
<p>
        <span> </span>
</p>
<p>
        <span>Zhang</span>
</p>
</span><br></blockquote></div>