<div dir="ltr">Hi flash-users,<div><br></div><div>I am seeing some parallel HDF5 error messages with:</div><div><br></div><div>    ./setup SinkRotatingCloudCore -auto -3d +parallelIO</div><div><br></div><div>using FLASH v4.6.2, OpenMPI v3.1.1, various versions of HDF5 (1.8.21, 1.10.2, 1.10.5), and the default SimulationMain/SinkRotatingCloudCore/flash.par</div><div><br></div><div>The simulation starts with no sink particles, and each particle file dump triggers many error messages to STDOUT (example below).  After the first sink particle forms, the error messages go away.  The error messages look ominous, but the output files appear OK/usable both before and after the first sink particle forms.</div><div><br></div><div>The error messages don't appear with serial HDF5 (omit "+parallelIO" from ./setup call, but use same compiled libraries).</div><div><br></div><div>Does anyone know the origin of these errors / how to fix them?  Besides, say, starting with serial HDF5 then restarting with parallel after the first particles form.  The errors seem harmless, but do clutter the log files.</div><div><br></div><div>Thanks,</div><div>Aaron</div><div><br></div><div>Example error message (one such trace per rank per particle file):</div><div><br></div><div>HDF5-DIAG: Error detected in HDF5 (1.10.5) MPI-process 2:<br>  #000: H5Dio.c line 336 in H5Dwrite(): can't write data<br>    major: Dataset<br>    minor: Write failed<br>  #001: H5Dio.c line 818 in H5D__write(): can't write data<br>    major: Dataset<br>    minor: Write failed<br>  #002: H5Dmpio.c line 735 in H5D__contig_collective_write(): couldn't finish shared collective MPI-IO<br>    major: Low-level I/O<br>    minor: Write failed<br>  #003: H5Dmpio.c line 2081 in H5D__inter_collective_io(): couldn't finish collective MPI-IO<br>    major: Low-level I/O<br>    minor: Can't get value<br>  #004: H5Dmpio.c line 2125 in H5D__final_collective_io(): optimized write failed<br>    major: Dataset<br>    minor: Write failed<br>  #005: H5Dmpio.c line 490 in H5D__mpio_select_write(): can't finish collective parallel write<br>    major: Low-level I/O<br>    minor: Write failed<br>  #006: H5Fio.c line 165 in H5F_block_write(): write through page buffer failed<br>    major: Low-level I/O<br>    minor: Write failed<br>  #007: H5PB.c line 1028 in H5PB_write(): write through metadata accumulator failed<br>    major: Page Buffering<br>    minor: Write failed<br>  #008: H5Faccum.c line 826 in H5F__accum_write(): file write failed<br>    major: Low-level I/O<br>    minor: Write failed<br>  #009: H5FDint.c line 254 in H5FD_write(): addr overflow, addr = 18446744073709551615, size=0, eoa=6380768<br>    major: Invalid arguments to routine<br>    minor: Address overflowed</div></div>