<div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Feb 12, 2020 at 12:44 PM Acharya, Nitish <<a href="mailto:nachary2@ur.rochester.edu">nachary2@ur.rochester.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Hey Marissa,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
These are great suggestions <span id="gmail-m_1053068024958614995🙂">🙂Thanks so much.</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span><br>
</span></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span>1) I did modify the files in the source but I also backed up the original files. From now onwards, I'll copy the files to the SimulationMain/.. and edit there
<span id="gmail-m_1053068024958614995🙂">🙂</span>. But in the end I need to copy the modified files from the SimulationMain/.. back to the source, right?</span></div></div></blockquote><div><br></div><div>Keep the source pristine in the sense that you haven't touched anything there. If you keep the files you copied from the source, and edit them in <i>SimulationMain/</i>, when you configure and make in an object directory, *it should* copy those files into the object directory and not the source files (meanwhile keeping them pristine). You can then edit those files in the object directory as you debug, and they won't change the source, just the ones in the <i>SimulationMain/</i>. Just if you change your <i>Config</i> file, for instance, you'll need to resetup rather than just <font face="monospace">make</font><font face="arial, sans-serif"> as you could then be using different modules. </font></div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)"><span style="font-size:12pt">2) Even though I modified few number of lines in the EOS modules, I didn't introduce any variables. I just modified the expression for pressure and internal energies. So I guess I can skip putting whatever I calculated into the UNK variables. Am I right here?</span></div></div></blockquote><div><br></div><div>I suppose? I guess I am not sure and it's hard to say what is truly happening over e-mail. Have you tried implementing print statements yet where you made changes?</div><div> </div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Nitish</div>
<div id="gmail-m_1053068024958614995appendonsend"></div>
<hr style="display:inline-block;width:98%">
<div id="gmail-m_1053068024958614995divRplyFwdMsg" dir="ltr"><font face="Calibri, sans-serif" style="font-size:11pt" color="#000000"><b>From:</b> Marissa Adams <<a href="mailto:marissa@flash.uchicago.edu" target="_blank">marissa@flash.uchicago.edu</a>><br>
<b>Sent:</b> Wednesday, February 12, 2020 11:56 AM<br>
<b>To:</b> Acharya, Nitish <<a href="mailto:nachary2@ur.rochester.edu" target="_blank">nachary2@ur.rochester.edu</a>><br>
<b>Cc:</b> <a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu" target="_blank">flash-users@flash.uchicago.edu</a> <<a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu" target="_blank">flash-users@flash.uchicago.edu</a>><br>
<b>Subject:</b> Re: [FLASH-USERS] multiTemp/Gamma EOS implementation in LaserSlab</font>
<div> </div>
</div>
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr"><br>
</div>
<br>
<div>
<div dir="ltr">On Tue, Feb 11, 2020 at 2:35 PM Acharya, Nitish <<a href="mailto:nachary2@ur.rochester.edu" target="_blank">nachary2@ur.rochester.edu</a>> wrote:<br>
</div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Dear flash-users,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I am trying to implement multiTemp/Gamma EOS to one of the materials in the LaserSlab and just use the tabulated EOS for the rest. There was no error during code compilation. However, I tried to modify couple lines from the following EOS routines:</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
i) eos_idealGamma.F90</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
ii) eos_idealGamma3T.F90</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
These routines were located in .../Eos/EosMain/MultiTemp/Gamma/Ye</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I modified the expression for pressure and comibinedGamc calculation. However, I dont see any changes while I plot the gamc and pres variable in VISIT.</div>
</div>
</blockquote>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Are you modifying these files in the <i>source/physics/blah/blah </i>(from here on I'll refer to it just as
<u>source</u>, even though the <i>Simulation</i> module is also apart of the source but that is the part users should really just mess with I suppose) code directly, or in the
<i>object</i> directory in which you have made the executable? <br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>I would recommend not touching the source so that you can always maintain a copy of what you downloaded, but always making new
<i>Simulation/SimulationMain/ </i>directories. In that <i>Simulation/SimulationMain/</i> directory copy the files from the source that you want to edit. Then when you configure and make your <font face="monospace">flash4
</font><font face="arial, sans-serif">you can make sure that the files you've copied and symbolically linked to your
<i>Simulation/SimulationMain/</i> directory rather than the source. From there edit your files and debug until it makes, then
</font><font face="monospace">./flash4</font><font face="arial, sans-serif">, rinse and repeat until you feel as if you have debugged your simulation thoroughly and it provides results you may anticipate. </font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><br>
</font></div>
<div><font face="arial, sans-serif">I think that may alleviate a lot of problems like this because the first question that pops into my head is whether or not the
<i>object</i> directory is actually seeing that file you have edited, especially if you're claiming results are unchanged. </font></div>
<div><font face="arial, sans-serif"><br>
</font></div>
<div><font face="arial, sans-serif">**** You can also do standard print statement wizardry to see if the code it getting to where you want it to be at execution.</font></div>
<div><br>
</div>
<div>**** Also are you putting whatever you've calculated into the UNK variables? e.g.
<font face="monospace">U(PRES_VAR,i,j,k) = Nitish_Pressure </font><font face="arial, sans-serif">make sure you put those in #IFDEF statements so the compiler is kept in the loop (haha) with what you're trying to do.</font></div>
<div><br>
</div>
<div>Someone else who wrote those routines and knows when they are called etc. might be better to assist but this is just the quick take that I can put together in the 20 mins it took me to write this.</div>
<div><br>
</div>
<div>I would recommend the following before answering anything else:</div>
<div><br>
</div>
<div>0. Make sure you're following the recipe I described in the second paragraph above, where one makes sure to keep the original source and you know exactly what you are manipulating and changing. Then you can
<font face="monospace">diff</font> the files you have edited with those from the source. I am just trying to encourage appropriate version control, which I know I also fail at keeping up with sometimes, but that always seems to be the crux to many of the problems
 I see folks having if they can't nail down a specific question.</div>
<div><br>
</div>
<div>1. Once you have configured and made your executable in such an <i>object</i> directory, add print statements in the routines you have edited. When you run the code do you see them in the standard out? </div>
<div> </div>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="font-size:12pt">1) For my case of implementation, how is pressure initialized and calculated later in the simulation? It seems I'm modifying the lines in wrong EOS routines.</span><span style="font-family:Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:small;color:rgb(34,34,34)"> </span></div>
</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<span style="font-size:12pt">2) In the params file, I set gammaEle = 2.4, gammaIon = 2.4 and gammaRad = 1.33. When I plot gamc in ViSit, it shows 2.348. How is gamc initialized and calculated later in the simulation?</span></div>
</div>
</blockquote>
<blockquote style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I have attached my Config files and .f90 files.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Thanks so much,</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Nitish</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div id="gmail-m_1053068024958614995x_gmail-m_-3859737587760516960Signature">
<div id="gmail-m_1053068024958614995x_gmail-m_-3859737587760516960divtagdefaultwrapper" dir="ltr" style="font-size:12pt;color:rgb(0,0,0);font-family:Calibri,Helvetica,sans-serif">
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><span style="font-size:10pt">---------------------------</span></p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><span style="font-size:10pt">Nitish Acharya</span></p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><span style="font-size:10pt">PhD Student</span></p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><span style="font-size:10pt">Department of Mechanical Engineering</span></p>
<p style="margin-top:0px;margin-bottom:0px"><span style="font-size:10pt">University of Rochester</span></p>
</div>
</div>
</div>
</blockquote>
</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
Best,<br>
Marissa<br clear="all">
<div><br>
</div>
-- <br>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div>
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div dir="ltr"><font face="monospace" size="1" color="#000000">%---------------------------------------------%</font>
<div><font face="monospace" size="1" color="#000000">Marissa B. P. Adams</font></div>
<div><font face="monospace" size="1" color="#000000">(she/her/hers)</font></div>
<div><font face="monospace" size="1" color="#000000">Phd Candidate, University of Rochester</font></div>
<div><font face="monospace" size="1" color="#000000">NDVS, University of Chicago</font></div>
<div><font face="monospace" size="1" color="#000000"><b>E-mail:</b> <a href="mailto:marissa@flash.uchicago.edu" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">marissa@flash.uchicago.edu</a></font></div>
<div><font face="monospace" size="1" color="#000000"><b>Website:</b> <a href="http://www.pas.rochester.edu/~madams" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">https://www.pas.rochester.edu/~madams</a></font></div>
<div><font face="monospace" color="#000000" size="1"><b>Twitter:</b> <a href="https://urldefense.proofpoint.com/v2/url?u=https-3A__twitter.com_mbpadams&d=DwMFaQ&c=kbmfwr1Yojg42sGEpaQh5ofMHBeTl9EI2eaqQZhHbOU&r=cuPKv3tS5I2VBKSHmPxoTpPzBE9dgd_ifIonFFBHfHw&m=V7kLoTJtbt6I_38TyrlMExioenxVwEL01QUjA09vCtg&s=uEJkrN1LQOjPblchPQLXUg93d3T1IFwkslQ_SypGlys&e=" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">https://twitter.com/mbpadams</a></font></div>
<div><font color="#000000" face="monospace" size="1"><b>Current Location:</b></font></div>
<div><font color="#000000" face="monospace" size="1">553 ERC</font></div>
<div><font color="#000000" face="monospace" size="1">Flash Center for Computational Science</font></div>
<div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace;font-size:x-small">5640 S. Ellis Ave, ERC 553</span></div>
<div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace;font-size:x-small">Chicago, IL 60637</span></div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>

</blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><font face="monospace" size="1" color="#000000">%---------------------------------------------%</font><div><font face="monospace" size="1" color="#000000">Marissa B. P. Adams</font></div><div><font face="monospace" size="1" color="#000000">(she/her/hers)</font></div><div><font face="monospace" size="1" color="#000000">Phd Candidate, University of Rochester</font></div><div><font face="monospace" size="1" color="#000000">NDVS, University of Chicago</font></div><div><font face="monospace" size="1" color="#000000"><b>E-mail:</b> <a href="mailto:marissa@flash.uchicago.edu" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">marissa@flash.uchicago.edu</a></font></div><div><font face="monospace" size="1" color="#000000"><b>Website:</b> <a href="http://www.pas.rochester.edu/~madams" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">https://www.pas.rochester.edu/~madams</a></font></div><div><font face="monospace" color="#000000" size="1"><b>Twitter:</b> <a href="https://twitter.com/mbpadams" style="color:rgb(17,85,204)" target="_blank">https://twitter.com/mbpadams</a></font></div><div><font color="#000000" face="monospace" size="1"><b>Current Location:</b></font></div><div><font color="#000000" face="monospace" size="1">553 ERC</font></div><div><font color="#000000" face="monospace" size="1">Flash Center for Computational Science</font></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace;font-size:x-small">5640 S. Ellis Ave, ERC 553</span></div><div><span style="color:rgb(0,0,0);font-family:monospace;font-size:x-small">Chicago, IL 60637</span></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div></div>