<html>

  <head>

    <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">

  </head>

  <body>

    <p>I've just had to learn how to compile it this morning as well. I

      don't know what system you're on, but you either need to link to a

      HDF5 library that has been compiled specifically for parallel

      operation (for me on the Stampede2 cluster I had to load phdf5

      instead of hdf5), or compile the HDF5 library with mpicc instead

      of gcc, or whatever compiler it is you use. There are specific

      instructions on the HDF5 website for compiling with MPI-I/O.

      <a class="moz-txt-link-freetext" href="https://support.hdfgroup.org/HDF5/PHDF5/">https://support.hdfgroup.org/HDF5/PHDF5/</a> <br>

    </p>

    <p>Good luck!<br>

    </p>

    <div class="moz-cite-prefix">On 08/10/2020 05:05, Gabriel Perez

      Callejo wrote:<br>

    </div>

    <blockquote type="cite"

      cite="mid:ac655d4a-74e3-9ad2-640c-5117897522c2@u-bordeaux.fr">

      <meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=UTF-8">

      <p>Hello,</p>

      <p>I am new to Flash (I have just recently installed it), and I am

        having some problems when running the LaserSlab example case in

        parallel.</p>

      <p>I have installed openmpi-4.0.5, hypre-2.12.0, hdf5-1.10.7, and

        FLASH4.6.2. When I run the Sedov example using just</p>

      <p><i>./setup -auto Sedov</i></p>

      <p><i>mpirun -np [number of cores] flash4</i></p>

      <p>It runs perfectly. However, when I do the same with the

        LaserSlab example:</p>

      <p><i>./setup -auto LaserSlab -2d +cylindrical +hdf5typeio -nxb=16

          -nyb=16 species=cham,targ +mtmmmt +laser +uhd3t +mgd

          mgd_meshgroups=6 -parfile=example.par</i></p>

      <p><i>mpirun -np [number of cores] flash4</i></p>

      <p>The code starts running, but freezes after <i>'Initial dt

          verified'</i>.</p>

      <p>Strangely enough, when the same setup command is run for

        LaserSlab, but instead of running in parallel, FLASH is called

        to operate in serial mode (./flash4), the code works without any

        problems (it just takes a much longer time, obviously).</p>

      <p>From what I have gathered, this seems to be a problem with the

        hdf5 I/O, but I have been unable to solve it, and I don't know

        what might be happening. Any thoughts about how to solve this?</p>

      <p>Thanks everyone,</p>

      <p>Gabriel Perez<br>

      </p>

      <p><br>

      </p>

    </blockquote>

  </body>

</html>