<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Dear Xavier,</div><div><br></div><div>Thank you for your note and questions. This response should help answer your questions:</div><div><br></div>1. It is correct that the signs are opposite. In 2D Cartesian, the positive z-axis points <i>out of</i> the page. In 2D cylindrical (assuming for radius, xmax > xmin), the positive phi axis points <i>into</i> the page. This preserves right-handedness of the coordinate system. So if the domain is set up the same way and is supposed to, for example, generate a B-field pointing out of the page, then the two geometries will have opposite signs for MAGZ.<br><br>2. About flux-based Biermann vs. biermannSource: The biermannSource implementation was originally intended for 2D cylindrical problems, since the phi-generated Biermann field is cell-centered only and does not enter in the staggered magnetic fields used in the USM solver to maintain solenoidality. In most cases (especially in 3D cartesian), the flux-based Biermann3T implementation is preferred because it preserves div(B) = 0 by modifying the Godunov fluxes used in the E-field calculation. In the next release we will include (at least) a warning message to discourage users from using biermannSource for 3D problems.<br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jan 14, 2021 at 3:32 AM Xavier Ribeyre <<a href="mailto:ribeyre@u-bordeaux.fr">ribeyre@u-bordeaux.fr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)"><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)"><div><span><span><strong></strong></span></span><div><div><div>Dear <span id="gmail-m_-8157327314003421550DWT1260"><span id="gmail-m_-8157327314003421550DWT1266">FLASH</span></span> Code users,<br></div><br><div>In the <span id="gmail-m_-8157327314003421550DWT1262"><span id="gmail-m_-8157327314003421550DWT1268">FLASH</span></span> version 4.6.2 there is two <span id="gmail-m_-8157327314003421550DWT1663"><span id="gmail-m_-8157327314003421550DWT1671">Biermann</span></span> battery test cases. <br></div><div>One in 2D cartesian geometry and one in 2D axis-symmetric (cylindrical) geometry.</div><br><div><strong>1-</strong> Whatever in 2D Cartesian or 2D axis-symmetric cases: the magnetic z component is the same.<br></div><div>And there is no magnetic field variation whatever I activated the</div><div>"source BB terms" or the "3T BB term": i.e in flash.par:<br></div><div>(use_Biermann3T = .false. hy_biermannSource = .true.</div><div>or use_Biermann3T = .true.  hy_biermannSource = .false.)<br></div><div>The z component values of the magnetic field magz are the same. <strong>This behavior is correct.</strong><br></div><br><div><strong>-However it seems that the SIGN of the magz component is not correct in 2D axis-symmetric case (it is the opposite).</strong><br></div><div><strong>Are you agree with that?</strong><br></div><br><div><strong>2- </strong>I did the same test case in <strong>3D geometry</strong> with the the same temperature and density profile.<br></div><br><div>When I deactivated the source term </div><div>i.e. <strong>use_Biermann3T = .true. hy_biermannSource = .false.</strong> in the flash.par<br></div><div>The values of <strong>magz</strong> seems correct (if we compare with the 2D previous cases)</div><div><strong> BUT</strong><br></div><div>When Biermann source term is activated:</div><div>i.e. <strong>use_Biermann3T = .false.</strong> <strong>hy_biermannSource = .true.</strong> in flash.par</div><div><strong>then now the magz values are very different and very low (20 times lower).</strong><br></div><br><div><strong>-I don't know why there is a discrepancy between these two 3D simulations</strong> <br></div><br><div>I hope you can help to understand what happens.<br></div><br><div>Best regards,<br></div><br><div>Xavier Ribeyre</div></div><br></div><div><br></div></div><br></div></div></div></blockquote></div><br clear="all"><div><br></div>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Eddie Hansen, PhD<br>Postdoctoral Associate</div><div>University of Rochester</div><div>607-341-6126 | Flash Center</div></div></div></div>