<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8"><div dir="ltr"><div dir="ltr">Hi Tristan,<div><br></div><div>I will admit I did not look at your log file, however I can assume based on the error you're using the Stir unit's "<font face="monospace">generate</font>" unit. I would recommend trying the Stir "<font face="monospace">FromFile</font>" implementation instead for now. </div><div><br></div><div>The <font face="monospace">generate</font> sub-unit seems to have issues with restarts/reading in the random seed from the file you can generate to store the random seeds in (take a look at the <i>Config</i> file in the sub-unit). I've attempted to think of a fix for this but came to the conclusion it'd take some time to renovate (I could be wrong though ofc!).</div><div><br></div><div>Best,</div><div>Marissa</div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Mon, May 24, 2021 at 12:25 PM Tristan <<a href="mailto:juwj@mail2.sysu.edu.cn">juwj@mail2.sysu.edu.cn</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left-width:1px;border-left-style:solid;border-left-color:rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Additionally, I may not receive the mail from the flash-user mail list. I try to join the mail list. If you have any idea about the question, please CC to me at <a href="mailto:juwj@mail2.sysu.edu.cn" target="_blank">juwj@mail2.sysu.edu.cn</a>.  Thanks everyone !<div>Best wishes! <br><div><br><blockquote type="cite"><div>Begin forwarded message:</div><br><div style="margin:0px"><span style="font-family:-webkit-system-font,"Helvetica Neue",Helvetica,sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><b>From: </b></span><span style="font-family:-webkit-system-font,"Helvetica Neue",Helvetica,sans-serif">Tristan <<a href="mailto:juwj@mail2.sysu.edu.cn" target="_blank">juwj@mail2.sysu.edu.cn</a>><br></span></div><div style="margin:0px"><span style="font-family:-webkit-system-font,"Helvetica Neue",Helvetica,sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><b>Subject: </b></span><span style="font-family:-webkit-system-font,"Helvetica Neue",Helvetica,sans-serif"><b>Some Problem when restart the StirTurb</b><br></span></div><div style="margin:0px"><span style="font-family:-webkit-system-font,"Helvetica Neue",Helvetica,sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><b>Date: </b></span><span style="font-family:-webkit-system-font,"Helvetica Neue",Helvetica,sans-serif">May 25, 2021 at 12:18:44 AM GMT+8<br></span></div><div style="margin:0px"><span style="font-family:-webkit-system-font,"Helvetica Neue",Helvetica,sans-serif;color:rgb(0,0,0)"><b>To: </b></span><span style="font-family:-webkit-system-font,"Helvetica Neue",Helvetica,sans-serif"><a href="mailto:flash-users@flash.uchicago.edu" target="_blank">flash-users@flash.uchicago.edu</a><br></span></div><br><div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space">Hello, everyone:<div><span style="white-space:pre-wrap">       </span>When I run the Flash code with the StirTrub unit for my turbulence simulation, it works well.But when I want to restart from a checkpointfile , something went wrong.</div><div><span style="white-space:pre-wrap">    </span>To restart from a CheckPointFile, I changed my flash.par :</div><div><span style="white-space:pre-wrap">       </span>```</div><div><span style="white-space:pre-wrap">      </span>restart    =    .true.</div><div><span style="white-space:pre-wrap">       </span>checkpointFileNumber  = 5</div><div><span style="white-space:pre-wrap">   </span>plotFileNumber    = 10</div><div><span style="white-space:pre-wrap"> </span>```</div><div>The total number of CheckPointFile is 10, and for plotfile is 20 when I run the code first time. So I just want to restart from half the number</div><div>That is the error I met :</div><div>```</div><div><div> [io_readData] Opening driventurb_3d_hdf5_chk_0005 for restart</div><div> Progress:   seed length =            0</div><div> Random seed =</div><div> nmodes =          188</div><div> Source terms initialized</div><div>  Finished with Grid_initDomain, restart</div><div> Ready to call Hydro_init</div><div> Hydro initialized</div><div> Gravity initialized</div><div> Initial dt verified</div><div> *** Wrote plotfile to driventurb_3d_forced_hdf5_plt_cnt_0000 ****</div><div> Initial plotfile written</div><div> Driver init all done</div><div>       n          t         dt  (         x,          y,          z) |</div><div>     106 2.5417E+00 4.9986E-02  (  999.    ,   999.    ,   999.    ) |</div><div>     107 2.5917E+00 9.9972E-02  (  999.    ,   999.    ,   999.    ) |</div><div>     108 2.6916E+00 1.9994E-01  (  999.    ,   999.    ,   999.    ) |</div><div> *** Wrote plotfile to driventurb_3d_hdf5_plt_cnt_0010 ****</div><div>     109 2.8916E+00 3.9989E-01  (  999.    ,   999.    ,   999.    ) |</div><div> *** Wrote plotfile to driventurb_3d_hdf5_plt_cnt_0011 ****</div><div>     110 3.2915E+00 7.9977E-01  (  999.    ,   999.    ,   999.    ) |</div><div> *** Wrote checkpoint file to driventurb_3d_hdf5_chk_0006 ****</div><div> *** Wrote plotfile to driventurb_3d_hdf5_plt_cnt_0012 ****</div><div>     111 4.0912E+00 1.5995E+00  (  999.    ,   999.    ,   999.    ) |</div><div> *** Wrote checkpoint file to driventurb_3d_hdf5_chk_0007 ****</div><div> *** Wrote plotfile to driventurb_3d_hdf5_plt_cnt_0013 ****</div><div>     112 5.6908E+00 3.1991E+00  (  999.    ,   999.    ,   999.    ) |</div><div> *** Wrote checkpoint file to driventurb_3d_hdf5_chk_0008 ****</div><div> *** Wrote plotfile to driventurb_3d_hdf5_plt_cnt_0014 ****</div><div>     113 8.8899E+00 6.3982E+00  (  999.    ,   999.    ,   999.    ) |</div><div> *** Wrote checkpoint file to driventurb_3d_hdf5_chk_0009 ****</div><div> *** Wrote plotfile to driventurb_3d_hdf5_plt_cnt_0015 ****</div><div>     114 1.5288E+01 1.2796E+01  (  999.    ,   999.    ,   999.    ) |</div><div> *** Wrote checkpoint file to driventurb_3d_hdf5_chk_0010 ****</div><div> exiting: reached max SimTime</div><div> *** Wrote plotfile to driventurb_3d_forced_hdf5_plt_cnt_0001 ****</div><div>At line 25 of file Stir_finalize.F90</div><div>Fortran runtime error: Attempt to DEALLOCATE unallocated 'st_randseed'</div><div>At line 25 of file Stir_finalize.F90</div><div>Fortran runtime error: Attempt to DEALLOCATE unallocated 'st_randseed'</div><div>At line 25 of file Stir_finalize.F90</div><div>Fortran runtime error: Attempt to DEALLOCATE unallocated 'st_randseed'</div><div>At line 25 of file Stir_finalize.F90</div><div>Fortran runtime error: Attempt to DEALLOCATE unallocated 'st_randseed'</div><div>At line 25 of file Stir_finalize.F90</div><div>Fortran runtime error: Attempt to DEALLOCATE unallocated 'st_randseed'</div><div>At line 25 of file Stir_finalize.F90</div><div>Fortran runtime error: Attempt to DEALLOCATE unallocated 'st_randseed'</div><div>At line 25 of file Stir_finalize.F90</div><div>Fortran runtime error: Attempt to DEALLOCATE unallocated 'st_randseed'</div><div>At line 25 of file Stir_finalize.F90</div><div>Fortran runtime error: Attempt to DEALLOCATE unallocated ‘st_randseed'</div></div><div>```</div><div>The file <span>Stir_finalize.F90 is below:</span></div><div><span><br></span></div><div><div><font><span>!!****if* source/physics/sourceTerms/Stir/StirMain/Generate/Stir_finalize</span></font></div><div><font><span>  !!</span></font></div><div><font><span>  !! NAME</span></font></div><div><font><span>  !!</span></font></div><div><font><span>  !!  Stir_finalize</span></font></div><div><font><span>  !!</span></font></div><div><font><span>  !! SYNOPSIS</span></font></div><div><font><span>  !!</span></font></div><div><font><span>  !!  call Stir_finalize()</span></font></div><div><font><span>  !!</span></font></div><div><font><span>  !! ARGUMENTS</span></font></div><div><font><span>  !!</span></font></div><div><font><span>  !!  none</span></font></div><div><font><span>  !!</span></font></div><div><font><span>  !! DESCRIPTION</span></font></div><div><font><span>  !!</span></font></div><div><font><span>  !!  Clean up the Stir unit</span></font></div><div><font><span>  !!</span></font></div><div><font><span>  !!***</span></font></div><div><font><span><br></span></font></div><div><font><span>  subroutine Stir_finalize()</span></font></div><div><font><span>    use Stir_data, ONLY : st_randseed, st_reproducible, &</span></font></div><div><font><span>         st_saveReproducible, st_randomSaveUnit</span></font></div><div><font><span>    implicit none</span></font></div><div><font><span>    deallocate(st_randseed)        !!!!!!!! This is the 25th line.</span></font></div><div><font><span>    if(st_reproducible.or.st_saveReproducible)&</span></font></div><div><font><span>         close(unit=st_randomSaveUnit)</span></font></div><div><font><span>    return</span></font></div><div><font><span>  end subroutine Stir_finalize</span></font></div></div><div><font><span><br></span></font></div><div><font><span><br></span></font></div><div><font><span>I have updated the log file for you to check my work. If someone met the some questions, let me know. </span></font></div><div></div></div></div></blockquote></div></div></div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div><div><blockquote type="cite"><div><div style="word-wrap:break-word;line-break:after-white-space"><div></div></div></div></blockquote></div><br></div></div></blockquote></div></div>