<div dir="ltr">Hi Sylvain,<div><br></div><div>I haven't used FLASH3 before. But I'd suggest using an older version of HDF5. For reference, I typically use hdf5 v1.8.10. I'd guess for an older version of FLASH it'd be ideal to use an even older version of HDF5 (ideally what was at use during the time of development).</div><div><br></div><div>Best,<br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">--------<div>Ryan</div></div></div></div></div></div></div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jun 22, 2022 at 11:13 PM Sylvain Turcotte <<a href="mailto:sturcott@ubishops.ca">sturcott@ubishops.ca</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">




<div dir="ltr">
<div dir="ltr">
<div id="gmail-m_-5328028180590845257x_appendonsend" style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
</div>
<div id="gmail-m_-5328028180590845257x_divRplyFwdMsg" dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
 Hi all,</div>
</div>
<div dir="ltr">
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I am running FLASH3.0 and cannot restart runs from checkpoint files produced because the "string runtime parameters" section is absent from the checkpoint file.</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I have compared outputs from FLASH4.4 and FLASH3.0 for the same setup making sure that the same compilation options are used and that the relevant parts of<i> io_h5write_lists.c are</i> the same in both versions.  <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
The checkpoint file from FLASH4.4 is ok, but not the one from FLASH3.0. <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
For some reason I have not figured out, it seems the section is not created by <i>
h5Dcreate() </i>in FLASH3.0. This is the only difference I have found between the output files of the two versions. This build of FLASH3.0 has worked with no issues in the past (a couple of years ago).<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
I currently use (on the graham and cedar clusters of compute Canada):</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
HDF5_PATH   = /cvmfs/<a href="http://soft.computecanada.ca/easybuild/software/2017/avx2/MPI/intel2016.4/openmpi2.1/hdf5-mpi/1.8.18" target="_blank">soft.computecanada.ca/easybuild/software/2017/avx2/MPI/intel2016.4/openmpi2.1/hdf5-mpi/1.8.18</a></div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
CFLAGS_HDF5  = -I$(HDF5_PATH)/include -DH5_USE_16_API</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
LIB_HDF5    = -L$(HDF5_PATH)/lib -lhdf5 -lz  -lpthread<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
<br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Any ideas are welcome. <br>
</div>
<div style="font-family:Calibri,Arial,Helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:rgb(0,0,0)">
Sylvain<br>
</div>
</div>
</div>
</div>

_______________________________________________<br>
flash-users mailing list<br>
<a href="mailto:flash-users@flash.rochester.edu" target="_blank">flash-users@flash.rochester.edu</a><br>
<br>
For list info, including unsubscribe:<br>
<a href="https://flash.rochester.edu/mailman/listinfo/flash-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://flash.rochester.edu/mailman/listinfo/flash-users</a><br>
</blockquote></div>