<div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large">Ryan,</div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large">That was helpful. I was able to use both your screenshots and advice to fix some things ( I think). I have double and triple checked my paths, with no progress at all. I do not know where else to look, any advice on how to proceed would be greatly appreciated (I did not know that the switch made on the cluster since when I last had this working would prevent me from using FLASH in this manner).<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 14, 2024 at 10:29 PM Ryan Farber <<a href="mailto:rjfarber@umich.edu">rjfarber@umich.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto">Hi Peter,<div><br></div><div>Thanks for the screenshot and your Makefile.h. To echo what Klaus wrote in the FLASH mailing list post you linked to, your Makefile.h has problems.</div><div><br></div><div>The error you’re receiving is in the linking step and is complaining about hdf5 and/or MPI files not being found.</div><div><br></div><div>I noticed that you have LIB_NCMPI set (for netcdf) as well as CFLAGS_NCMPI.</div><div><br></div><div>You should instead set the corresponding MPI variables.</div><div><br></div><div>Also note that you have -ggdb in your *_OPT variables, which is very useful for debugging but not ideal for production runs. I’d also recommend -O3, unless you’re worried about one or more of its optimizations being inappropriate for your system.</div><div><br></div><div>Probably the above should be enough, but I’ve attached screenshots (on my phone so they might not be the easiest to parse) in case they help.</div><div><br></div><div>You might also need to check that your paths exist and update the paths you set in Makefile.h as needed.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Ryan<img alt="image0.png" src="cid:ii_19330c7623ba74afaf01"><img alt="image1.png" src="cid:ii_19330c7623da75912712"><img alt="image2.png" src="cid:ii_19330c7623da76729f23"><img alt="image3.png" src="cid:ii_19330c7623da77541734"><img alt="image4.png" src="cid:ii_19330c7623ea78358f45"></div><div><div><br><div dir="ltr">Sent from my iPhone</div><div dir="ltr"><br><blockquote type="cite">On 14. Nov 2024, at 17:33, Peter Manzella <<a href="mailto:peter.manzella@maine.edu" target="_blank">peter.manzella@maine.edu</a>> wrote:<br><br></blockquote></div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large">Ryan,</div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large">My apologies, I was in a rush, and forgot the screenshot as well. This is the error I get at the very end of running make,<br><div><image.png></div><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large">In case it is helpful, attached is my Makefile.h, and here is the setup command:<br>./setup CCSN -auto -2d +cylindrical -nxb=16 -nyb=16 -objdir ccsn2d threadBlockList=False +pm4dev threadWithinBlock=False +newMpole +uhd +hdf5TypeIO useFortran2003=True</div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 14, 2024 at 6:30 PM Ryan Farber <<a href="mailto:rjfarber@umich.edu" target="_blank">rjfarber@umich.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto">Hi Peter,<div><br></div><div>It would be helpful if you can explain what issue you encountered (screenshots welcomed).</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Ryan<br><br><div dir="ltr">Sent from my iPhone</div><div dir="ltr"><br><blockquote type="cite">On 14. Nov 2024, at 14:05, Peter Manzella <<a href="mailto:peter.manzella@maine.edu" target="_blank">peter.manzella@maine.edu</a>> wrote:<br><br></blockquote></div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large">I actually did not know that I could use google to search the mailing list, that is helpful. I resolved that issue, but a new one has come up, that after checking the mailing list, I still am unsure. I found this thread, <a href="https://flash.rochester.edu/pipermail/flash-users/2016-June/006310.html" target="_blank">https://flash.rochester.edu/pipermail/flash-users/2016-June/006310.html</a> , but as I had mentioned before, I'm pretty sure my Makefile.h is good, so I am not sure where to look now. I had FLASH working but the cluster admin must have changed some things around and FLASH no longer works properly.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 14, 2024 at 3:55 PM Ryan Farber <<a href="mailto:rjfarber@umich.edu" target="_blank">rjfarber@umich.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto">Hi Peter,<div><br></div><div>I’m not in front of my computer now but this is another very common issue. If you google search the flash mailing list you should find the solution to your compilation error quite readily.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Ryan</div><div><br><div dir="ltr">Sent from my iPhone</div><div dir="ltr"><br><blockquote type="cite">On 14. Nov 2024, at 10:10, Peter Manzella <<a href="mailto:peter.manzella@maine.edu" target="_blank">peter.manzella@maine.edu</a>> wrote:<br><br></blockquote></div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large">Ryan,</div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large"><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large">Thank you very much! That worked, I have another error now, but I think it may have to do with the version of the links in makefile.h,</div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large"><div><image.png></div><br></div><div class="gmail_default" style="font-family:monospace;font-size:large">If that is the case, I have no way of getting back to a different version as I have been unable to contact the cluster admin for assistance. Help is again very much appreciated.<br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 14, 2024 at 11:24 AM Ryan Farber <<a href="mailto:rjfarber@umich.edu" target="_blank">rjfarber@umich.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hi Peter,</div><div><br></div><div>Comment out the section of your Makefile.h (mine was at the bottom) that has iso_c_binding<br><a href="https://flash.rochester.edu/pipermail/flash-users/2024-May/008664.html" target="_blank">https://flash.rochester.edu/pipermail/flash-users/2024-May/008664.html</a></div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr">--------<div>Ryan</div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Nov 14, 2024 at 6:53 AM Peter Manzella <<a href="mailto:peter.manzella@maine.edu" target="_blank">peter.manzella@maine.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Hello,</div><div><br></div><div><div style="font-family:monospace;font-size:large" class="gmail_default">I am trying to get FLASH running on my university cluster after they moved user interfaces and now it is no longer working, I can setup the problem, but when I run 'make' I encounter this error,</div><div style="font-family:monospace;font-size:large" class="gmail_default"><div><image.png></div><br></div><div style="font-family:monospace;font-size:large" class="gmail_default">I am pretty sure the makefile.h is accurate, is there a way to check that? Or are there other ways to check how to fix this? Thanks!<br></div><br clear="all"></div><br><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Peter Manzella<br></div><div>PhD Candidate, Department of Physics and Astronomy</div><div>309 Bennett Hall</div><div>University of Maine</div><div><a href="mailto:peter.manzella@maine.edu" target="_blank">peter.manzella@maine.edu</a></div><div><br></div><div><font face="arial, sans-serif">“If you run out of ideas follow the road; you'll get there.” – Edgar Allan Poe</font><br></div></div></div></div>
_______________________________________________<br>
flash-users mailing list<br>
<a href="mailto:flash-users@flash.rochester.edu" target="_blank">flash-users@flash.rochester.edu</a><br>
<br>
For list info, including unsubscribe:<br>
<a href="https://flash.rochester.edu/mailman/listinfo/flash-users" rel="noreferrer" target="_blank">https://flash.rochester.edu/mailman/listinfo/flash-users</a><br>
</blockquote></div>
</blockquote></div><div><br clear="all"></div><br><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Peter Manzella<br></div><div>PhD Candidate, Department of Physics and Astronomy</div><div>309 Bennett Hall</div><div>University of Maine</div><div><a href="mailto:peter.manzella@maine.edu" target="_blank">peter.manzella@maine.edu</a></div><div><br></div><div><font face="arial, sans-serif">“If you run out of ideas follow the road; you'll get there.” – Edgar Allan Poe</font><br></div></div></div>
</div></blockquote></div></div></blockquote></div><div><br clear="all"></div><br><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Peter Manzella<br></div><div>PhD Candidate, Department of Physics and Astronomy</div><div>309 Bennett Hall</div><div>University of Maine</div><div><a href="mailto:peter.manzella@maine.edu" target="_blank">peter.manzella@maine.edu</a></div><div><br></div><div><font face="arial, sans-serif">“If you run out of ideas follow the road; you'll get there.” – Edgar Allan Poe</font><br></div></div></div>
</div></blockquote></div></div></blockquote></div><div><br clear="all"></div><br><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Peter Manzella<br></div><div>PhD Candidate, Department of Physics and Astronomy</div><div>309 Bennett Hall</div><div>University of Maine</div><div><a href="mailto:peter.manzella@maine.edu" target="_blank">peter.manzella@maine.edu</a></div><div><br></div><div><font face="arial, sans-serif">“If you run out of ideas follow the road; you'll get there.” – Edgar Allan Poe</font><br></div></div></div>
<div><Makefile.h></div></div></blockquote></div></div></div></blockquote></div><div><br clear="all"></div><br><span class="gmail_signature_prefix">-- </span><br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><div>Peter Manzella<br></div><div>PhD Candidate, Department of Physics and Astronomy</div><div>309 Bennett Hall</div><div>University of Maine</div><div><a href="mailto:peter.manzella@maine.edu" target="_blank">peter.manzella@maine.edu</a></div><div><br></div><div><font face="arial, sans-serif">“If you run out of ideas follow the road; you'll get there.” – Edgar Allan Poe</font><br></div></div></div>