
<html>


<head>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=utf-8">


</head>


<body style="overflow-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;">


Hi,


<div>I’m not sure using VisIt is what you want to do here. If you want to access FLASH produced data (hdf5) using python, I would suggest you check the “yt” library. (import yt) then use some covering grid if you want to manipulate the data directly.</div>


<div>Best,</div>


<div>


<div>


<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;">


<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;">


<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;">


<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;">


<div dir="auto" style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); letter-spacing: normal; text-align: start; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; word-spacing: 0px; -webkit-text-stroke-width: 0px; text-decoration: none; word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; line-break: after-white-space;">


<div>Gabriel Rigon</div>


<div>==============</div>


<div>Postdoctoral Associate</div>


<div>MIT - PSFC</div>


<div>167 Albany Street, NW 17-264</div>


<div>Cambridge, MA 02139</div>


<div>TEL: (+1) 617-324-0638</div>


<div>Email: grigon@mit.edu</div>


</div>


</div>


</div>


</div>


</div>


</div>


<div><br>


<blockquote type="cite">


<div>On Jan 24, 2025, at 11:35, Adrien Da Ros <adrien.da-ros@u-bordeaux.fr> wrote:</div>


<br class="Apple-interchange-newline">


<div>


<div>


<div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">


<div data-marker="__QUOTED_TEXT__">


<div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">


<div>


<div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;">


<div>Dear Flash users,</div>


</div>


<div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;"><br>


<div>I am trying to extract some data from an .hdf file created with VisIt from FLASH simulations to use them with python.</div>


<div>A colleague of mine (Meirielen Caetano de Sousa at CELIA) is using it from a few months Flash and VisIt but we are still beginners.</div>


<div>The issue that I am encountering is that the meshgrid is adaptative during the whole simulation, and also non-uniform on the different axes.</div>


<div>In order to use correctly and efficiently the extracted data, I should need to recreate the meshgrid that is produced by Flash and to do so, I would need the accurate parameters that are stored in the .hdf file.</div>


<div>There are many variables that can be stored in the output files, such as 'block size', 'coordinates', or 'tele' (electron temperature).</div>


<div>My issue is that I do not know how to recreate the meshgrid (example given attached) with the variables I have access.</div>


<div>To explain more specifically my issue, the data array 'tele' that I want to use has a shape (294, 1, 16, 16).</div>


<div>The data array 'coordinates' of shape (294, 3) seems to give the location of a group of pixels of size (16, 16) according to the shape of 'tele' but the information about the size of the group, contained in 'block size' I suppose, is difficult to be used.</div>


<div>In the end, it is a puzzle that I do not have all the keys to finish.</div>


<div>Does it exist a specific python package that permits to use more easily such .hdf files ?</div>


<div>Do I have to use VisIt to save in a different format the data to properly use them with python ?</div>


<div>Do you have some documentation about how the data are plotted with VisIt ?</div>


<br>


<div>Thank you for your help.</div>


<div>With my sincere salutations,</div>


<br>


<div>Adrien Da Ros, PhD<br>


Post-doctorant<br>


CELIA - Université de Bordeaux<br>


Mail: adrien.da-ros@u-bordeaux.fr</div>


</div>


</div>


</div>


<br>


</div>


</div>


</div>


<span id="cid:AF194DA4-ECD9-4A07-AF01-74D3A3E62AD9"><meshgrid_example_obtained_with_Flash_VisIt.png></span>_______________________________________________<br>


flash-users mailing list<br>


flash-users@flash.rochester.edu<br>


<br>


For list info, including unsubscribe:<br>


https://flash.rochester.edu/mailman/listinfo/flash-users<br>


</div>


</blockquote>


</div>


<br>


</div>


</body>


</html>