<div dir="ltr"><div>Hi Sumit,</div><div><br></div><div>I'd say the best way to learn what parameters mean for your simulation is to look at how they get used. For the Sedov problem, take a look in /PATH_TO_FLASH/source/Simulation/SimulationMain/Sedov</div><div><br></div><div>More specifically, you can do "grep -rin sim_rInit *.F90" to see which subroutines that parameter shows up in. Simulation_initBlock.F90 would be the most important one to take a look at :)<br><br>Or, you can ask your favorite AI large language model. They were terrible 1-1.5 years ago, but they're good enough now perhaps. Asking Gemini this prompt "what does sim_rInit do for the Sedov problem in the FLASH mhd code?" resulted in the following.</div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div dir="ltr"><br></div><div dir="ltr"><p>In the FLASH MHD code, <code>sim_rInit</code> is a runtime parameter that plays a crucial role in initializing the Sedov problem (also known as the Sedov-Taylor blast wave problem).</p><p>Here's a breakdown of what it does:</p><ul><li><p><b>Defines the initial energy deposition region:</b> The Sedov problem models the self-similar evolution of a blast wave from a point-like energy release. In practice, since a true "point" is impossible to simulate numerically, the energy is deposited within a small, spherical (or cylindrical/1D) region at the center of the grid. <code>sim_rInit</code> specifies the <b>radius</b> of this initial energy deposition region.</p></li><li><p><b>Calculates initial pressure:</b> The energy <code>sim_expEnergy</code> is deposited into this volume defined by <code>sim_rInit</code>. The initial pressure within this region (<code>p'0</code>) is then calculated based on the total energy, the adiabatic index (<span class="gmail-katex"><span class="gmail-katex-html" aria-hidden="true"><span class="gmail-base"><span class="gmail-strut" style="height:0.625em;vertical-align:-0.1944em"></span><span class="gmail-mord gmail-mathnormal" style="margin-right:0.0556em">γ</span></span></span></span>), and the volume of this initial region. The specific formula depends on the geometry (1D, 2D cylindrical, or 3D spherical).</p><p>For example, for spherical geometry, the pressure <span class="gmail-katex"><span class="gmail-katex-html" aria-hidden="true"><span class="gmail-base"><span class="gmail-strut" style="height:1em;vertical-align:-0.2481em"></span><span class="gmail-mord"><span class="gmail-mord gmail-mathnormal">p</span><span class="gmail-msupsub"><span class="gmail-vlist-t gmail-vlist-t2"><span class="gmail-vlist-r"><span class="gmail-vlist" style="height:0.7519em"><span class="gmail-" style="margin-left:0em;margin-right:0.05em"><span class="gmail-pstrut" style="height:2.7em"></span><span class="gmail-sizing gmail-reset-size6 gmail-size3 gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mtight">0</span></span></span><span class="gmail-" style="margin-right:0.05em"><span class="gmail-pstrut" style="height:2.7em"></span><span class="gmail-sizing gmail-reset-size6 gmail-size3 gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mtight">′</span></span></span></span></span><span class="gmail-vlist-s"></span></span><span class="gmail-vlist-r"><span class="gmail-vlist" style="height:0.2481em"><span class="gmail-"></span></span></span></span></span></span></span></span></span> inside the initial volume is given by:</p><p><span class="gmail-katex"><span class="gmail-katex-html" aria-hidden="true"><span class="gmail-base"><span class="gmail-strut" style="height:1em;vertical-align:-0.2481em"></span><span class="gmail-mord"><span class="gmail-mord gmail-mathnormal">p</span><span class="gmail-msupsub"><span class="gmail-vlist-t gmail-vlist-t2"><span class="gmail-vlist-r"><span class="gmail-vlist" style="height:0.7519em"><span class="gmail-" style="margin-left:0em;margin-right:0.05em"><span class="gmail-pstrut" style="height:2.7em"></span><span class="gmail-sizing gmail-reset-size6 gmail-size3 gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mtight">0</span></span></span><span class="gmail-" style="margin-right:0.05em"><span class="gmail-pstrut" style="height:2.7em"></span><span class="gmail-sizing gmail-reset-size6 gmail-size3 gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mtight">′</span></span></span></span></span><span class="gmail-vlist-s"></span></span><span class="gmail-vlist-r"><span class="gmail-vlist" style="height:0.2481em"><span class="gmail-"></span></span></span></span></span></span><span class="gmail-mspace" style="margin-right:0.2778em"></span><span class="gmail-mrel">=</span><span class="gmail-mspace" style="margin-right:0.2778em"></span></span><span class="gmail-base"><span class="gmail-strut" style="height:1.53em;vertical-align:-0.52em"></span><span class="gmail-mord"><span class="gmail-mopen gmail-nulldelimiter"></span><span class="gmail-mfrac"><span class="gmail-vlist-t gmail-vlist-t2"><span class="gmail-vlist-r"><span class="gmail-vlist" style="height:1.01em"><span class="gmail-" style="top: -2.655em;"><span class="gmail-pstrut" style="height:3em"></span><span class="gmail-sizing gmail-reset-size6 gmail-size3 gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mtight"><span class="gmail-mopen gmail-mtight">(</span><span class="gmail-mord gmail-mathnormal gmail-mtight">n</span><span class="gmail-mbin gmail-mtight">+</span><span class="gmail-mord gmail-mtight">1</span><span class="gmail-mclose gmail-mtight">)</span><span class="gmail-mord gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mathnormal gmail-mtight" style="margin-right:0.2222em">V</span><span class="gmail-msupsub"><span class="gmail-vlist-t gmail-vlist-t2"><span class="gmail-vlist-r"><span class="gmail-vlist" style="height:0.3281em"><span class="gmail-" style="margin-right:0.0714em"><span class="gmail-pstrut" style="height:2.5em"></span><span class="gmail-sizing gmail-reset-size3 gmail-size1 gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mathnormal gmail-mtight">ini</span><span class="gmail-mord gmail-mathnormal gmail-mtight">t</span></span></span></span></span><span class="gmail-vlist-s"></span></span><span class="gmail-vlist-r"><span class="gmail-vlist" style="height:0.143em"><span class="gmail-"></span></span></span></span></span></span></span></span></span><span class="gmail-" style="top: -3.23em;"><span class="gmail-pstrut" style="height:3em"></span><span class="gmail-frac-line" style="border-bottom-width:0.04em"></span></span><span class="gmail-" style="top: -3.485em;"><span class="gmail-pstrut" style="height:3em"></span><span class="gmail-sizing gmail-reset-size6 gmail-size3 gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mtight">3</span><span class="gmail-mopen gmail-mtight">(</span><span class="gmail-mord gmail-mathnormal gmail-mtight" style="margin-right:0.0556em">γ</span><span class="gmail-mbin gmail-mtight">−</span><span class="gmail-mord gmail-mtight">1</span><span class="gmail-mclose gmail-mtight">)</span><span class="gmail-mord gmail-mathnormal gmail-mtight" style="margin-right:0.0576em">E</span></span></span></span></span><span class="gmail-vlist-s"></span></span><span class="gmail-vlist-r"><span class="gmail-vlist" style="height:0.52em"><span class="gmail-"></span></span></span></span></span><span class="gmail-mclose gmail-nulldelimiter"></span></span></span></span></span></p><p>where <span class="gmail-katex"><span class="gmail-katex-html" aria-hidden="true"><span class="gmail-base"><span class="gmail-strut" style="height:0.6833em"></span><span class="gmail-mord gmail-mathnormal" style="margin-right:0.0576em">E</span></span></span></span> is <code>sim_expEnergy</code>, <span class="gmail-katex"><span class="gmail-katex-html" aria-hidden="true"><span class="gmail-base"><span class="gmail-strut" style="height:0.4306em"></span><span class="gmail-mord gmail-mathnormal">n</span></span></span></span> is the dimension (3 for spherical), and <span class="gmail-katex"><span class="gmail-katex-html" aria-hidden="true"><span class="gmail-base"><span class="gmail-strut" style="height:0.8333em;vertical-align:-0.15em"></span><span class="gmail-mord"><span class="gmail-mord gmail-mathnormal" style="margin-right:0.2222em">V</span><span class="gmail-msupsub"><span class="gmail-vlist-t gmail-vlist-t2"><span class="gmail-vlist-r"><span class="gmail-vlist" style="height:0.3117em"><span class="gmail-" style="margin-right:0.05em"><span class="gmail-pstrut" style="height:2.7em"></span><span class="gmail-sizing gmail-reset-size6 gmail-size3 gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mtight"><span class="gmail-mord gmail-mathnormal gmail-mtight">ini</span><span class="gmail-mord gmail-mathnormal gmail-mtight">t</span></span></span></span></span><span class="gmail-vlist-s"></span></span><span class="gmail-vlist-r"><span class="gmail-vlist" style="height:0.15em"><span class="gmail-"></span></span></span></span></span></span></span></span></span> is the initial volume defined by <code>sim_rInit</code>.</p></li><li><p><b>Impact on discretization and accuracy:</b> As noted in the FLASH documentation, while the theoretical Sedov solution assumes a point-like energy source, numerical simulations use a finite volume. The choice of <code>sim_rInit</code> affects the accuracy of the initial energy deposition and how well it approximates a point source. Increasing <code>sim_rInit</code> (or increasing the effective resolution) can help minimize discretization effects and achieve a closer approximation to the input total energy.</p></li></ul><p>In essence, <code>sim_rInit</code> allows you to control the size of the initial "explosion" region, which is critical for setting up the Sedov problem correctly and influencing the numerical accuracy of the simulation's early stages.</p></div><div dir="ltr"><br></div><div>Best wishes,</div><div dir="ltr">--------<div>Ryan</div></div></div></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote gmail_quote_container"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Fri, Jul 11, 2025 at 9:26 AM Sumit Banerjee <<a href="mailto:sumitb@g.clemson.edu">sumitb@g.clemson.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="ltr"><div>Ryan,</div><div><br></div><div>Thank you very much. I think your solution worked. I will let you know what I find. </div><div><br></div><div>Would you mind explaining what these parameters mean and how they impact the simulation? If there is a section in the user guide that explains this, let me know and I shall refer to it.</div><div><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><i><font face="verdana, sans-serif">Clear Skies,</font></i><div><i><font face="verdana, sans-serif">Sumit (Sam)</font></i></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Thu, Jul 10, 2025 at 10:55 AM Ryan Farber <<a href="mailto:rjfarber@umich.edu" target="_blank">rjfarber@umich.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto">Hi Sumit,<div><br></div><div>Thank you for attaching your log file. You set sim_rInit to ~ 0.01 but your linear box dimensions are 1. That means the initial linear resolution is 0.125 > sim_rInit and no refinement occurs.</div><div><br></div><div>Increase lrefine_min (or the similar parameter for the initial refinement) or increase sim_rInit.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Ryan<br><br><div dir="ltr">Sent from my iPhone</div><div dir="ltr"><br><blockquote type="cite">On 10. Jul 2025, at 07:13, Sumit Banerjee <<a href="mailto:sumitb@g.clemson.edu" target="_blank">sumitb@g.clemson.edu</a>> wrote:<br><br></blockquote></div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Ryan,</div><div><br></div><div>My bad. That was a type indeed. I meant the parameters zmin and zmax. I cross checked them in the par file and they appear fine. I have attached the parameter file here for your reference. Also attached is the log file generated by the run.</div><div><br></div><div>Let me know if you find something.</div><div><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><i><font face="verdana, sans-serif">Clear Skies,</font></i><div><i><font face="verdana, sans-serif">Sumit (Sam)</font></i></div></div></div></div><br></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Wed, Jul 9, 2025 at 6:57 PM Ryan Farber <<a href="mailto:rjfarber@umich.edu" target="_blank">rjfarber@umich.edu</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div dir="auto">Hi Sumit,<div><br></div><div>The parameter names are zmin and zmax, not z_min and z_max. Maybe that’s one issue.</div><div><br></div><div>Anyway, from what you shared there’s just a single block (no refinement occurred). The question is why. It’d be helpful if you shared your.log file.</div><div><br></div><div>If you’re just trying to run the default Sedov problem in 3D with only changes in flash.par I’m a bit surprised you have this issue. Though as you wrote, setting lrefine_min can be helpful if you aren’t initially resolving the features you’re trying to refine on.</div><div><br></div><div>Best wishes,</div><div>Ryan<br><br><div dir="ltr">Sent from my iPhone</div><div dir="ltr"><br><blockquote type="cite">On 9. Jul 2025, at 15:43, Sumit Banerjee <<a href="mailto:sumitb@g.clemson.edu" target="_blank">sumitb@g.clemson.edu</a>> wrote:<br><br></blockquote></div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div>Flash users,</div><div><br></div><div>I hope everything is fine.</div><div><br></div><div>I am trying to run the Sedov explosion in 3D and I changed the flash.par by adding the parameters, z_min, z_max, zl_boundary_type and zr_boundary_type. However, when I run the simulation, it reaches the max simTime real quick and the output files do not show any explosion. Below is the output of the run..</div><div><br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"> Grid_init: resolution based on runtime params:<br>  lrefine          dx              dy              dz<br>      1             0.125           0.125           0.125<br>      2             0.062           0.062           0.062<br>      3             0.031           0.031           0.031<br>      4             0.016           0.016           0.016<br>      5             0.008           0.008           0.008<br>      6             0.004           0.004           0.004<br> MaterialProperties initialized<br> Cosmology initialized<br> Source terms initialized<br> sim_rhoAmbient is   1.0000000000000000<br>  iteration, no. not moved =            0           0<br> refined: total leaf blocks =            1<br> refined: total blocks =            1<br> [amr_morton_process]: Initializing surr_blks using standard orrery implementation<br>  Finished with Grid_initDomain, no restart<br> Ready to call Hydro_init<br> Hydro initialized<br> Gravity initialized<br> Initial dt verified<br> *** Wrote checkpoint file to sedov_hdf5_chk_0000 ****<br> *** Wrote plotfile to sedov_hdf5_plt_cnt_0000 ****<br> Initial plotfile written<br> Driver init all done<br>       n          t         dt  (         x,          y,          z) |  dt_hydro  dt_Diff<br>       1 1.0000E-10 2.0000E-10  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>       2 3.0000E-10 4.0000E-10  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>       3 7.0000E-10 8.0000E-10  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>       4 1.5000E-09 1.6000E-09  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>       5 3.1000E-09 3.2000E-09  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>       6 6.3000E-09 6.4000E-09  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>       7 1.2700E-08 1.2800E-08  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>       8 2.5500E-08 2.5600E-08  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>       9 5.1100E-08 5.1200E-08  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      10 1.0230E-07 1.0240E-07  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      11 2.0470E-07 2.0480E-07  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      12 4.0950E-07 4.0960E-07  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      13 8.1910E-07 8.1920E-07  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      14 1.6383E-06 1.6384E-06  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      15 3.2767E-06 3.2768E-06  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      16 6.5535E-06 6.5536E-06  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      17 1.3107E-05 1.3107E-05  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      18 2.6214E-05 2.6214E-05  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      19 5.2429E-05 5.2429E-05  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      20 1.0486E-04 1.0486E-04  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      21 2.0972E-04 2.0972E-04  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      22 4.1943E-04 4.1943E-04  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      23 8.3886E-04 8.3886E-04  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      24 1.6777E-03 1.6777E-03  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      25 3.3554E-03 3.3554E-03  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      26 6.7109E-03 6.7109E-03  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      27 1.3422E-02 1.3422E-02  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      28 2.6844E-02 2.6844E-02  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      29 5.3687E-02 5.3687E-02  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br>      30 1.0737E-01 1.0737E-01  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br> *** Wrote checkpoint file to sedov_hdf5_chk_0001 ****<br>      31 2.1475E-01 2.1475E-01  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br> *** Wrote checkpoint file to sedov_hdf5_chk_0002 ****<br>      32 4.2950E-01 4.2950E-01  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br> *** Wrote checkpoint file to sedov_hdf5_chk_0003 ****<br>      33 8.5899E-01 8.5899E-01  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br> *** Wrote checkpoint file to sedov_hdf5_chk_0004 ****<br>      34 1.7180E+00 1.7180E+00  ( 6.250E-02,  6.250E-02,  6.250E-02) |  2.673E+01 6.250E+27<br> *** Wrote checkpoint file to sedov_hdf5_chk_0005 ****<br> exiting: reached max SimTime<br> *** Wrote plotfile to sedov_forced_hdf5_plt_cnt_0000 ****</blockquote><div><br></div><div>I tried reading through the past issues and found out a suggestion to increase the parameters lrefine_min or lrefine_min_init but they aren't there in the flash.par file under the source/Simulation/SimulationMain/Sedov/flash.par file. I tried checking a few par files written for 3D runs but couldn't find anything useful yet.</div><div><br></div><div>I tried running the Sod problem in 3D and it runs successfully with the similar adjustments to the par file as above so I have no idea what's going on here.</div><div><br></div><div>Could somebody explain what is going on and how I can get over this problem? </div><div><br></div><div><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr"><i><font face="verdana, sans-serif">Clear Skies,</font></i><div><i><font face="verdana, sans-serif">Sumit (Sam)</font></i></div></div></div></div></div>
<span>_______________________________________________</span><br><span>flash-users mailing list</span><br><span><a href="mailto:flash-users@flash.rochester.edu" target="_blank">flash-users@flash.rochester.edu</a></span><br><span></span><br><span>For list info, including unsubscribe:</span><br><span><a href="https://flash.rochester.edu/mailman/listinfo/flash-users" target="_blank">https://flash.rochester.edu/mailman/listinfo/flash-users</a></span><br></div></blockquote></div></div></blockquote></div>
</div></blockquote></div></div><div dir="auto" role="textbox" aria-label="Message Body"><div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"></div></blockquote></div></div><div dir="auto"><div><blockquote type="cite"><div dir="ltr"></div></blockquote></div></div></blockquote></div>
</blockquote></div>